鑒證目的差異
涉稅鑒證是指在稅收的征收繳納過程中，稅務師事務所接受委托，對有關納稅事項，運用稅收應用技術進行鑒別和判斷，出具鑒證報告并發表鑒證意見，為證實有關納稅事項具有真實性、合法性、合理性，提供證明的業務活動。
《中國注冊會計師鑒證業務基本準則》（財會〔2006〕4號）第五條規定，鑒證業務是指注冊會計師對鑒證對象信息提出結論，以增強除責任方之外的預期使用者對鑒證對象信息信任程度的業務。
對比兩個概念不難看出，涉稅鑒證的目的，是為證實有關征收繳納事項具有真實性、合法性、合理性提供證明，至于是否增強了使用者的信任，不是涉稅鑒證追求的目標；而注冊會計師鑒證的目的，是增強除責任方之外的預期使用者對鑒證對象信息信任程度。目的的差異，決定了目標和范圍也存在差異。
鑒證目標差異
注冊稅務師鑒證業務和注冊會計師鑒證業務的總目標，在文字表述上都包括真實性、合法性、合理性三方面內容，但是它們詞同義不同，內涵上是有差異的。
真實性
注冊會計師鑒證業務準則強調的是客觀真實性，而注冊稅務師鑒證業務準則強調的是法律真實性或形式真實性。這個差異是稅收制度與會計制度關于真實性的差異所決定的。
比如，在土地增值稅清算鑒證業務當中，對于收入事項，真實性是指已經符合稅法規定的確認條件，就應當予以確認，除會計已經確認收入的事項外，還包括視同銷售收入和稅法上規定的收入事項。對扣除項目事項，真實性是指除稅法規定的20%加計扣除、房地產開發費用5%或10%計算扣除、舊房評估價格外任何開發費用，除非確屬已經真實發生，否則申報扣除就可能被認定為偷稅行為。
納稅人申報扣除的任何費用必須能夠提供證明確屬已經實際發生的“足夠”、“適當”的憑據，足夠和適當要根據實際情況來判定。這里的真實性強調的是法律的真實性，而不是客觀的真實性。在納稅鑒證活動中，法律的真實性是指鑒證人依照鑒證程序，依據鑒證準則和法定的鑒證標準，對納稅人提供的有關資料，運用稅收應用技術進行鑒別和判斷加以確認的，同樣是經過程序操作而形成的真實。
合法性
注冊會計師鑒證業務準則強調合法性，是指符合會計法規；而注冊稅務師鑒證業務準則強調的是符合稅收法規。
比如，土地增值稅清算業務的合法性，是指確認收入和房地產扣除項目，必須符合稅法規定的條件，并符合稅法規定的程序。不管房地產扣除項目是否實際發生、合理與否，如果是非法支出，不符合稅法的有關規定，即使按財務會計法規或制度規定可以作為開發成本費用的，也不能作為土地增值稅扣除項目。
合理性
注冊會計師鑒證業務準則強調合理性，是指實質的合理性，符合一般的經營常規和符合財務會計慣例；而注冊稅務師鑒證業務準則強調的是形式的合理性，符合征納程序和稅務會計慣例。實質的合理性，不考慮程序是否正義，而強調最終結果或目的必須符合某種標準，對于這個標準，不同國家、不同種族、不同信仰有不同的選擇，如宗教、政治、道德等價值理念，都有可能成為某種實質合理性的評價標準。
比如，土地增值稅清算業務的合理性，是指納稅人收入和房地產扣除項目的計算和分配方法。這里的合理性是形式合理性，而不是實質合理性。換句話說，只要納稅申報的會計核算證據，按照財務會計的程序取得，納稅調整證據按照稅務會計的程序取得，對收入和房地產扣除項目的計算和分配，就具備了形式的合理性。
鑒證范圍差異
涉稅鑒證范圍，是指鑒證對象信息的范圍，或稱鑒證證據的范圍，包括納稅申報表和特殊納稅事項的專項鑒證兩項內容，而不是對會計報表的鑒證。涉稅鑒證的證據范圍，包括納稅調整證據和會計核算證據兩部分，鑒證的重點是納稅調整證據，而不是會計核算證據。
對納稅調整證據應執行實質性測試，憑證的合法性、余額的正確性、申報程序的合法性三個方面是主要鑒證事項。
對于會計核算證據，僅關注數字邏輯關系的正確性和會計處理方法的合規性。如果納稅人需要進行財務報表審計，應按照中國注冊會計師鑒證準則的要求，另行委托注冊會計師辦理鑒證業務。涉稅鑒證過程中，注冊稅務師不能越位進行財務報表審計鑒證，在報告和工作底稿當中，不要涉及財務報表審計的內容。
比如，土地增值稅的清算范圍有兩層含義，一是指項目范圍，凡從事房地產開發企業開發的商品房項目，在滿足規定的土地增值稅清算條件時，均應辦理土地增值稅的清算手續，包括未列入土地增值稅預征范圍的房地產開發項目，還包括清算后的尾房再清算。二是指鑒證對象信息的范圍，或稱鑒證證據的范圍，土地增值稅清算證據的鑒證范圍，重點是納稅調整證據，會計核算證據主要是作為數據來源，而不是重點。