目前，行政事業單位行政事業性收費已經實行“票款分離”，而現行行政事業單位會計制度對這項新的業務處理尚未做出規定。制定出一整套科學合理的賬務處理辦法勢在必行
執收單位根據不同的具體收費情況的賬務處理
第一種情況：執收單位收費時，使用代收代繳（包括：定額和專用）收費票據，按規定日期和金額匯總填制《省行政事業性收費繳款書》（第一聯：付款銀行付出憑證，第二聯：收款銀行收入憑證，第三聯：收款單位開戶銀行蓋章后退回收入機關，第四聯：銀行蓋章后，退繳款單位用作報銷憑證，第五聯：銀行蓋章后，退繳款單位轉執收單位，第六聯：執收單位留存）（以下簡稱“繳款書”）2—6聯（這時執收單位又是繳款單位），將《繳款書》2—5聯送到預算外資金管理局指定的銀行收款處，銀行收款處留下2—3聯，將4、5聯蓋章后退給執收單位。執收單位將《繳款書》第4聯和代收代繳（包括：定額和專用）票據第3聯按規范順序裝訂在一起，然后憑《繳款書》第5聯編制記賬憑證。
第二種情況：執收單位收費時，收到異地交費單位轉賬支票轉款時，首先應將款項轉到本執收單位支出賬戶上，當收到款項后，開給交費單位代收代繳票據并編制記賬憑證，借：銀行存款 貸：暫存款，同時填制《繳款書》1—6聯，將《繳款書》1—5聯送到指定銀行收款處，銀行退回第4、5聯。執收單位將《繳款書》第4聯與代收代繳票據第三聯裝在一起，憑第5聯編制記賬憑證。
第三種情況：執收單位收費時，直接開給交費人《繳款書》2—6聯，收到交費人退回《繳款書》第5聯時編制記賬憑證。
總之，不管以上哪一種情況。執收單位在收到交費人退回《繳款書》第5聯時編制記賬憑證（如學校日收費金額大、份數多可匯總），其賬務處理為：
一是登記“財政專戶存款”輔助賬目借方，二是登記“多欄式收入”輔助明細賬目貸方。
執收單位收到財政部門核撥預外資金撥款通知時，憑撥款通知，編制記賬憑證，其賬務處理
一是編制記賬憑證，借：銀行存款—支出戶，貸：事業收入—核撥預外收入；二是登記“財政專戶存款”輔助賬目貸方。
執收單位收到預外局代扣“兩金”收據時，編制記賬憑證，其賬務處理
一是登記“上交上級支出”輔助賬目借方，二是登記“財政專戶存款”輔助賬目貸方。
學生要求退學費時，當收到財政部門核撥預外撥款通知時，編制記賬憑證，其賬務處理
一是編制記賬憑證，借：銀行存款 貸：事業收入；二是編制記賬憑證，借：事業支出；貸：現金；三是登記“財政專戶存款”輔助賬目貸方，“多欄式收入”輔助明細賬目借方。
執收單位應設置的輔助賬目
行政事業單位行政事業性收費實行“票款分離”后，要求執收單位應設置：“財政專戶存款”、“多欄式收入”、“上交上級支出”輔助賬目。
注：1.“財政專戶存款”輔助賬目。
借方金額：反映執收單位已上繳財政專戶數額；
貸方金額：反映財政已返撥執收單位數額、退費數額和上交“兩金”數額。
余額（借方）：反映執收單位現存財政專戶數額。
2.“多欄式收入”輔助明細賬目
貸方金額：反映執收單位上繳財政專戶各收費項目收入明細數額。
借方金額：反映執收單位退學生學費數額。
3.“上交上級支出”輔助賬目
借方金額：反映執收單位實際上繳“兩金”數額。
