現行外貿公司出口貨物應退增值稅稅額，依進項稅額計算，具體計算公式為：應退稅額＝出口貨物數量×加權平均進價×退稅率，其退稅依據是外貿企業購進出口貨物的進價。而生產企業自營（委托）出口應退的增值稅是執行“免、抵、退”或“先征后退”，出口退稅的稅額取決于出口的離岸價銷售收入及其進項稅額。
在日常稅收管理中，大部分企業采用自營出口或委托外貿公司出口的形式，也有部分企業是把貨物銷售給外貿公司出口，由外貿公司辦理出口退稅的形式。這兩種形式由于在退稅方面采用不同的退稅方式，由此也會產生不同的結果。
一、企業直接自營出口舉例：如東臺市某化工有限公司，主要以化工產品出口為主，2004年度自營出口銷售額10461萬元（暫不考慮內銷貨物的銷售額），可抵扣的進項稅額為870萬元，該公司自營出口執行“免抵退”稅政策，征稅率為17%，退稅率為13%，則2004年自營出口銷售額10461萬元全免。由于退稅率的差異，應作進項稅額轉出：10461×（17%－13％）=418.44萬元，應退稅額的計算：①10461×13%=1359.93萬元，②應納稅額＝銷項稅額一進項稅額=0－（870－418.44）=－451.56萬元，取①②兩數較小者為應計算的應退稅額，則應退稅額為451.56萬元，①②兩數的差額=1359.93－451.56=908.37萬元，退稅扣減征稅后該企業實際可得到的稅收補貼為451.56－0=451.56萬元。
二、企業委托關聯外貿公司出口
若上述公司在外地有關聯外貿公司，東臺市某化工有限公司把產品以同樣的價格銷售給關聯外貿公司，關聯外貿公司再以同樣的價格銷售到境外，東臺市某化工有限公司開具增值稅專用發票價稅合計10461萬元，則東臺市某化工有限公司應納增值稅為10461÷（1+17%）×l7%－870=649.97萬元，外貿公司可得到退稅10461÷（1+17%）×13%=1162.33萬元。稅務機關征稅649.97萬元，退稅機關退稅1162.33萬元，東臺市某化工有限公司、關聯外貿公司兩公司實際可得到的稅收補貼為1162.33－649.97=512.36萬元。
通過以上例子，我們不難發現，為什么同樣的外銷收入，卻產生截然不同的結果。
從征稅機關來看，前者東臺市某化工有限公司自營出口可征稅0萬元，后者卻能征稅649.97萬元，相差達到649.97萬元。顯然，企業自營出口不利于征稅機關，因為多征的649.97萬元可以作為稅收收入任務，對地方財力來講，也相對有利。
從退稅機關來看，前者東臺市某化工有限公司自營出口可退稅451.56萬元，后者卻能退稅1162.33萬元，相差達到710.77萬元。顯然，自營出口企業如在外地辦理關聯外貿企業可多享受國家退稅。
從東臺市某化工有限公司、外貿公司兩公司來看，自營出口實際得到的稅收補貼是451.56萬元，而通過外貿出口實際得到的稅收補貼是512.36萬元，兩者相差達到60.8萬元。顯然，通過關聯外貿公司出口對東臺市某化工有限公司更加劃算。
我們經過計算發現，產生以上原因在于以下幾個方面：
從征稅方面來看，產生征稅差異是由于計稅價格的不同造成的，即由于自營出口的計稅價格是按離岸價全部收入計算，而產品銷售外貿出口的計稅價格是按不含稅的收入計算應納稅額。從上面例子可以看出，前者計稅價格是10461萬元，后者計稅價格是10461÷（1+17%）=8941.0256萬元，相差1519.9744萬元，必然產生1519.9744×17%=258.40萬元的征稅差額。
從退稅方面來看，產生退稅差異是由于退稅的計算依據不同造成的，即由于前者是按出口的離岸價10461萬元計算出口退稅，后者是按銷售額給外貿的價格10461÷（1+17%）=8941.0256萬元計算出口退稅，也即相差1519.9744萬元，必然產生1519.9744×13%=197.60萬元的退稅差額。
征稅率與退稅率的不同，是造成出口企業實際得到稅收補貼差異的根本原因。在征稅率與退稅率一致的情況下，企業實際得到的稅收補貼數額將一樣。如上例，在退稅率提高到17%的情況下，前者應退稅額為870萬元，扣除征稅0萬元，實際得到的稅收補貼是870萬元。后者應退稅款為1519.97萬元，扣除征稅649.97萬元，實際得到的稅收補貼也是870萬元。
當然，企業走出去辦理關聯外貿企業也面臨著一定的風險和壓力。1.籌集期間需要一定的開辦費；2.人員的工資以及熟練辦理出口報關人員的費用；3.需要繳納隨銷售收入附征的一些費用，如我市主要按銷售收入征收綜合費用率按千分之二繳納；4.地方保護主義的壓力，有些大中城市已開始提高辦理流通型外貿公司的門檻，辦理相關手續可能較煩瑣；5.出口退稅率仍將不斷下降，現已平均下降4%，近期據了解有可能仍要下降，企業出口成本將不斷加大；6.企業也需承擔一些先征稅后享受出口退稅的資金壓力，也包括繳納這些資金所負擔的利息，這對于企業來說，自營出口的成本會不斷加大，企業也應采取相應的措施消除成本增加的壓力。
