從1994年稅制改革以來，新的流轉稅體系已經形成。特別是以增值稅取代原產品稅和營業稅，在一定程度上起到了公平稅負的作用。但實踐中，增值稅進項稅抵扣中還存在著一些亟待解決的問題。
一、進項稅額抵扣以專用發票列明的金額為依據的規定，使企業存貨成本缺乏可比性。
根據《增值稅暫行條例》及其實施細則的規定，納稅人購進貨物或接受應稅勞務時，取得專用發票的，以專用發票列明的稅額作為進項稅額，準予抵扣；取得普通發票的，不得計算進項稅額。這就意味著，在相同進價（含稅價）的情況下，購貨取得普通發票的，其進貨成本高于專用發票，企業存貨成本缺乏可比性。
為了解決這一矛盾，可以利用價稅分離的特點。企業在購進貨物時不再區分增值稅發票和普通發票，一律將其進行價稅分離，只要是上一經營環節確已繳納增值稅的則可以抵扣。
二、增值稅進項稅額抵扣中某些項目存在高征低扣現象。
《增值稅暫行條例》規定，一般納稅人購進免稅產品時，按收購價和10%的扣除率計算進項稅，準予扣除；一般納稅人外購貨物所支付的運輸費用以及一般納稅人銷售貨物所支付的運輸費用，根據普通發票所列金額依7%的扣除率計算進項稅額，準予扣除；一般納稅人購進廢舊物資，按收購價和10%的扣除率計算進項稅額，準予扣除；一般納稅人取得由稅務機關代小規模納稅人開具的專用發票時，可以專用發票所列稅額作為進項稅額（稅率為6%）。
上述幾項規定都是在一般納稅人沒有取得專用發票或稅務機關代開專用發票的情況下，允許抵扣進項額。表面上看，這都是為了減輕納稅人的負擔而給予的稅收優惠，但是，增值稅的本義是，對生產者或經營者對貨物加工或經營過程中所產生的增值額進行征收的一種流轉稅。其計算方法有二：扣稅法和扣額法。無論扣稅法和扣額法均應體現增值則征稅，未增值則不征稅的原則。按上述規定會出現經營者（生產者）沒有增值額也應繳稅的情形，即高征低扣�，F舉一例如下：某企業收購一批免稅農副產品，收購價10000元。依規定可計算進項稅1000元，假定銷項稅率為17%，該企業仍以10000元含稅價銷售該批產品，則銷項稅額為10000÷ 117%×17%=1452.99元。該項交易，企業應繳增值稅為452.99元。也就意味著企業因為高征低扣的規定而付出虧損452.99元的代價。
為了解決上述問題，筆者認為，稅收政策對上一經營環節的優惠不應在下一環節扣回。上述幾種情況的進項稅率應根據銷項稅率而定，即進、銷項稅率相同，避免高征低扣。
三、進項稅額的確認與銷項稅額的確認條件不同，缺乏配比性。
稅收實務中，計算繳納增值稅時，進項稅額必須是專用發票列明或第二點所列情形之一，且已經付款并已經到貨為前提方可抵扣，即付款扣稅法、貨到扣稅法，工業企業必須在購進貨物驗收入庫后，商業企業必須在購進貨物支付貨款后，才能申報可以抵扣的進項稅額。這對化解票到扣稅法的負面影響起到了一定的作用，但不符合會計核算的權責發生制原則和及時性原則。而銷項稅的確認只要銷售成立，無論是否收回貨款，這一規定使得進項稅和銷項稅缺乏配比性。為此，許多企業為了使進項稅額得以抵扣而想方設法大量購進存貨，不惜影響企業資金周轉，不顧因此增加存貨儲存成本甚至造成企業虧損。更有甚者，有的企業大量購進存貨，造成提前抵扣現象，使得進項稅和銷項稅不配比。
為了解決這一矛盾，應將進項稅額和銷項稅額確認時間規定一致，即銷售方應計算銷項稅時，購進方即可計算進項稅額。
四、無形資產的進項稅額不能抵扣和無形資產轉讓繳納營業稅之規定，不利于企業發展和我國工業經濟向知識經濟轉化。
無形資產的轉讓依5%的稅率計征營業稅缺乏合理的理論依據，且阻礙了無形資產的流動，企業購入的無形資產即使有專用發票，其進項稅也應計入成本。這一規定，不利于企業發展。目前，全球經濟正處于工業經濟向知識經濟轉換的關鍵時期，我國也毫不例外。作為經濟杠桿之一的稅收，理應能起到鼓勵和促進經濟發展的作用。但是，上述規定，使企業加大營運成本，不利于企業發展。
為此，筆者建議，改對無形資產轉讓征收營業稅為征收增值稅，無形資產的進項稅額允許抵扣。
