針對我國目前運輸企業和個人的實際情況，國家稅務總局關于印發《國家稅務總局關于加強貨物運輸業稅收管理及運輸發票增值稅抵扣管理的公告》的通知（國稅發[2003]120號）對運輸業務的具體管理提出了切實可行的具體要求。其中，對運輸發票抵扣增值稅的問題，《運輸發票增值稅抵扣管理試行辦法》則規定：從2003年11月1日起，納稅人外購貨物（固定資產除外）或者銷售應稅貨物而支付運輸費用所取得的運費結算單據（《增值稅暫行條例實施細則》第十二條所規定的不并入銷售額的代墊運費除外），無論是運輸單位提供運輸勞務自行開具的運輸發票，還是運輸單位主管地稅局及省級地稅局委托的代開發票中介機構為運輸單位和個人代開的運輸發票，都準予抵扣增值稅進項稅額，從而進一步擴大增值稅的抵扣范圍，這對接受運輸服務的企業而言，其好處是不言而喻的。
但是，在稅務稽查實踐中，我們卻發現有些企業在利用運輸發票抵扣增值稅方面存在許多問題，從稅務稽查的角度來看，我們認為作為接受運輸服務的企業，在接受運輸服務取得運輸隊發票進行抵扣增值稅時，還應該重點注意以下六個方面：
其一，注意發票開票單位是否合法。稅法明確規定，開票單位必須是經稅務機關批準，有自行開具運輸發票資格的企業，或者是主管地稅局以及經省級地稅局批準委托中介機構代開票單位代開的貨物運輸業發票。凡未經地稅局認定的納稅人開具的貨物運輸業發票一律不得作為記賬憑證和增值稅抵扣憑證。所以，作為一般納稅人企業，在接受運輸服務時，應當注意提供服務的當事人的合法身份，驗明所接受的運輸票據是否符合抵扣增值稅的規定，以防人為地增加經營成本。
其二，注意驗明具有合法身份的單位和個人所提供的運輸票據是否在法定的期限內。在稽查過程中我們經常發現原來的舊運輸發票，國稅發[2003]120號文件規定，納稅人必須于2003年10月31日前向主管地稅局繳回已經領購的貨物運輸業發票，經稅務機關審核界定為自開票納稅人的再返還其繼續使用；未繳回的貨物運輸業發票不得開具和使用，也不得作為記賬憑證和增值稅抵扣憑證。《關于使用公路、內河貨物運輸業統一發票有關問題的通知》（國稅函[2004] 557號）規定，《貨運發票》必須采用稅控收款機系列產品開具，手寫無效。《國家稅務總局關于印發新版〈全國聯運行業貨運統一發票〉式樣的通知》（國稅函 [2004]1033號）規定，《全國聯運行業貨運統一發票》使用新版本。因此，納稅人應當注意檢查其時效性。
其三，自開票納稅人和代開票單位必須按照規定逐欄、如實填開貨物運輸業發票。凡開具給增值稅一般納稅人的貨物運輸業發票，必須填寫該增值稅一般納稅人的名稱和納稅人識別號。自開發票的，應在運費發票下方正中央加蓋有開票人識別號、主管地稅局名稱和代碼等內容的“開票人專用章”和財務專用章。此外，《國家稅務總局關于加強貨物運輸業稅收征收管理有關問題的通知》（國稅發明電[2003]第055號）規定，如果地稅局代開貨運發票時，應加蓋代開票地稅局發票專用章，專用章要有代開票地稅局名稱和地稅局代碼。否則不予抵扣增值稅。
其四，申報抵扣增值稅時的手續是否符合規定。取得的所有需計算抵扣增值稅進項稅額的運輸發票，應根據相關運輸發票逐票填寫《增值稅運輸發票抵扣清單》，增值稅一般納稅人必須填寫其中的“取得運輸發票單位名稱及識別號”
欄，否則，所取得的運費發票不能作為增值稅進項抵扣憑證。在進行增值稅納稅申報時，除按現行規定申報報表資料外，還必須報送《增值稅運輸發票抵扣清單》。納稅人除報送清單紙質資料外，還需同時報送《增值稅運輸發票抵扣清單》的電子信息。未單獨報送《增值稅運輸發票抵扣清單》紙質資料及電子信息的，其運輸發票進項稅額不得抵扣。同時規定，如果納稅人未按規定要求填寫《增值稅運輸發票抵扣清單》或者填寫內容不全的，該張運輸發票不得計算抵扣進項稅額。因此，納稅人必須特別注意，在錄入《增值稅運輸發票抵扣清單》信息采集軟件時應細心，如果某些地方輸入錯誤，經稅務機關與開具的電子信息比對不符，那么該筆運輸發票的進項稅額不得抵扣。增值稅一般納稅人取得的聯運發票應當逐票填寫在《增值稅運費發票抵扣清單》的“聯運”欄次內。增值稅一般納稅人取得的內海及近海貨物運輸發票，可暫填寫在《增值稅運輸發票抵扣清單》內河運輸欄內。
其五，根據《國家稅務總局關于貨物運輸業若干稅收問題的通知》（國稅發[2004]88號）規定，增值稅一般納稅人取得稅務機關認定為自開票納稅人的聯運單位和物流單位開具的貨物運輸業發票準予計算抵扣進項稅額。準予抵扣的貨物運費金額是指自開票納稅人和代開票單位為代開票納稅人開具的貨運發票上注明的運費、建設基金和現行規定允許抵扣的其他貨物運輸費用；裝卸費、保險費和其他雜費不予抵扣。貨運發票應當分別注明運費和雜費，對未分別注明，而合并注明為運雜費的不予抵扣。
其六，申報抵扣增值稅的時間是否符合規定。納稅人取得的貨物運輸業發票，可以在自發票開具日90天后的第一個納稅申報期結束以前申報抵扣，超過90天的不得予以抵扣。另外必須按照《增值稅運費發票抵扣清單》的要求填寫全部內容，對填寫內容不全的不得予以抵扣進項稅額。
