（一）查補偷稅應納稅額的確定
增值稅一般納稅人不報、少報銷項稅額或多報進項稅額，均影響增值稅的繳納，是偷稅行為。其偷稅數額應當按銷項稅額的不報、少報部分或進項稅額的多報部分確定。如果銷項、進項均查有偷稅問題，其偷稅數額應當為兩項偷稅數額之和。
一般納稅人若采取賬外經營，即購銷活動均不入賬，而造成不繳、少繳增值稅的，其偷稅數額應按賬外經營部分的銷項稅額抵扣賬外經營部分中已銷貨物進項稅額后的余額確定。此時偷稅數額為應納稅額。
即：應納稅額＝賬外經營部分銷項稅額－賬外經營部分中已銷貨物進項稅額
已銷貨物進項稅額＝賬外經營部分購貨的進項稅額－賬外經營部分存貨的進項稅額
（二）查補稅款金額的確定一般納稅人發生偷稅行為，確定偷稅數額補征入庫時，其補稅數額應根據納稅人不同情況分別處理。即：根據檢查核實的一般納稅人與其全部銷項稅額與進項稅額（包括當期留抵扣稅額），重新計算當期全部應納稅額。若應納稅額為正數，應當作補稅處理；若應納稅額為負數，應按《增值稅日常稽查辦法》的規定執行。
（三）查補稅款的會計處理增值稅經稅務機關檢查后，應進行相應的會計調整。為此，應設立“應交稅金-增值稅檢查調整”賬戶。凡檢查后應調減賬面進項稅額或調增銷項稅額和進項稅轉出的數額，借記有關賬戶，貸記本賬戶；凡檢查后應調增賬面進項稅額或調減銷項稅額和進項稅額轉出的數額，借記本賬戶，貸記有關賬戶；全部調賬事項入賬后，應結出本賬戶的余額，并對該余額進行處理：
1.若余額在借方，全部視同留抵進項稅額，按借方余額數，借記“應交稅金-應交增值稅（進項稅額）”賬戶，貸記本賬戶。
2.若余額在貸方，且“應交稅金-應交增值稅”賬戶無余額，按貸方余額數，借記本賬戶，貸記“應交稅金-未交增值稅”賬戶。
3.若本賬戶余額在貸方，“應交稅金-應交增值稅”賬戶有借方余額且等于或大于這個貸方余額，按貸方余額數，借記本賬戶，貸記“應交稅金-應交增值稅”賬戶。
4.若本賬戶余額在貸方，“應交稅金-應交增值稅”賬戶有借方余額但小于這個貸方余額，應將這兩個賬戶的余額沖出，其差額貸記“應交稅金-未交增值稅”賬戶。4.若本賬戶余額在貸方，“應交稅金-應交增值稅”賬戶有借方余額但小于這個貸方余額，應將這兩個賬戶的余額沖出，其差額貸記“應交稅金- 未交增值稅”賬戶。
[例] 某工業企業為增值稅一般納稅人。12月份增值稅納稅資料：當期銷項稅額236000元，當期購進貨物的進項稅額為247000元。“應交稅金-應交增值稅”賬戶的借方余額為11000元。
次年1月15日稅務機關對其檢查時，發現有如下兩筆業務會計處理有誤：
1.12月3日，發出產品一批用于捐贈，成本價80000元，無同類產品售價，企業已作如下會計處理：
借：營業外支出 80000
貸：產成品 80000
2.12月24日，為基建工程購入材料35100元，企業已作如下會計處理：
借：在建工程 30000
應交稅金-應交增值稅（進項稅額）5100
貸：銀行存款 35100
針對上述問題，應作查補稅款的會計處理：
1.對查出的問題進行會計調整。
（1）企業對外捐贈產品，應視同銷售，計算銷項稅額，無同類產品售價的，按組成計稅價格計算。企業按成本價直接沖減產成品，但未計算銷項稅額，屬偷稅行為。
銷項稅額＝80000×（1＋10％）×17％＝14960（元）
據此，應調賬如下：
借：營業外支出 14960
貸：應交稅金-增值稅檢查調整 14960
（2）企業用于非應稅項目的購進貨物，其進項稅額不得抵扣，企業這種多報進項稅額行為，屬偷稅行為。
據此，應調賬如下：
借：在建工程 5100
貸：應交稅金-增值稅檢查調整 5100
2.確定企業偷稅數額。
份稅數額＝不報銷項稅額＋多報進項稅額＝14960＋5100＝20060（元）
3.確定應補交稅額。
當期應補稅額＝236000－247000＋20060＝9060（元）
4.進行會計處理。
借：應交稅金-增值稅檢查調整 20060
貸：應交稅金-未交增值稅 9060
應交增值稅 11000
補交稅款入庫時：
借：應交稅金-未交增值稅 9060
貸：銀行存款 9060
從此例可見，企業的偷稅數額，不一定等于補稅數額
[例6] 某商業企業為增值稅一般納稅人，12月份增值稅納稅資料：當期銷項稅額50000元，當期進項稅額35000元，當期已納增值稅15000元。次年年初稅務機關檢查時，發現如下兩筆業務未作會計處理：
1.12月2日，企業購入商品100件，取得了增值稅專用發票，注明：價款50000元，稅款8500元，但未作任何會計處理。
2.12月21日，企業又將上述購入商品出售45件，取得現金35100元，也未作任何會計處理。
經稅務人員檢查核實，認定企業在搞賬外經營。偷稅數額如下：
已銷貨物進項稅額＝賬外經營部分購貨的進項稅額－賬外經營部分存貨的進項稅額＝8500－8500×55％＝3825（元）
應納稅額＝賬外經營部分銷項稅額－賬外經營部分中已銷貨物的進項稅額 ＝5100－3825＝1275（元）
由于企業當期正常的增值稅稅額核算已經結束，此筆應納稅額1275元，既是偷稅數額，又是補稅數額（會計處理略）。
