同一地區(qū)或城市，實(shí)行“總部-分店”管理模式。總部對(duì)分店的商品配送，作為內(nèi)部移庫(kù)處理，統(tǒng)一核算，統(tǒng)一申報(bào)繳納增值稅。
例如：某食品銷售連鎖企業(yè)在同城有4家連鎖分店，是一般納稅人。2004年1月，4家分店銷售情況，甲店實(shí)現(xiàn)銷售收入58.50萬(wàn)元（含稅）；乙店實(shí)現(xiàn)銷售收入81.90萬(wàn)元（含稅）；丙店實(shí)現(xiàn)銷售收入105.30萬(wàn)元（含稅）；丁店實(shí)現(xiàn)銷售收入117萬(wàn)元（含稅）；由總店計(jì)算、申報(bào)、繳納增值稅。
銷售額=（含稅銷售額）/（1+增值稅率）
=（585000+819000+1053000+1170000）/（1+17%）
=3100000（元）
會(huì)計(jì)分錄：
借：銀行存款 36270000元
貸：應(yīng)交稅金——應(yīng)交增值稅（銷項(xiàng)稅額）527000
主營(yíng)業(yè)務(wù)收入 3100000元
借：應(yīng)交稅金——應(yīng)交增值稅（已交稅金）527000元
貸：銀行存款527000元
不同一地區(qū)或城市，可在非總部所在地區(qū)或城市設(shè)置地區(qū)總部，實(shí)行“總部——地區(qū)總部——分店”的管理模式。總部對(duì)地區(qū)總部的商品配送，按稅法規(guī)定必須作為銷售處理，經(jīng)申請(qǐng)可由總部統(tǒng)一核算，統(tǒng)一向總部所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)、繳納增值稅。
例如：某綜合超市連鎖總店，是增值稅一般納稅人，有跨地區(qū)連鎖店2個(gè)。2004年1月，總店購(gòu)進(jìn)500萬(wàn)元的貨物，進(jìn)項(xiàng)稅金85萬(wàn)元，取得專用發(fā)票，已付款。由總店對(duì)跨地區(qū)連鎖店配送商品，開(kāi)具專用發(fā)票，其中甲店300萬(wàn)元，銷項(xiàng)稅金51萬(wàn)元；乙店400萬(wàn)元，銷項(xiàng)稅額68萬(wàn)元。總店統(tǒng)一計(jì)算、申報(bào)、繳納增值稅。
總店購(gòu)進(jìn)貨物會(huì)計(jì)分錄：
借：物資采購(gòu) 5000000元
應(yīng)交稅金——應(yīng)交稅金（進(jìn)項(xiàng)稅額）850000元
貸：銀行存款 5850000元
總店對(duì)跨地區(qū)連鎖店配送商品會(huì)計(jì)分錄：
借：應(yīng)收賬款——甲店 3510000元——乙店4680000元
貸：應(yīng)交稅金——應(yīng)交稅金（銷項(xiàng)稅額） 1190000元
主營(yíng)業(yè)務(wù)收入 7000000元
總店繳納增值稅會(huì)計(jì)分錄：
借：應(yīng)交稅金——應(yīng)交增值稅（已交稅金） 340000元
貸：銀行存款 340000元
注：應(yīng)交增值稅=1190000-850000=340000元
按照增值稅條例規(guī)定，跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)的連鎖企業(yè)，即連鎖店的分店均由總部全資或控股開(kāi)設(shè)，在總部領(lǐng)導(dǎo)下統(tǒng)一經(jīng)營(yíng)的連鎖企業(yè)，要求采取微機(jī)聯(lián)網(wǎng)，實(shí)行統(tǒng)一采取配送商品，統(tǒng)一核算，統(tǒng)一規(guī)范化管理和經(jīng)營(yíng)，并經(jīng)有關(guān)國(guó)稅機(jī)關(guān)審批同意，可對(duì)總店和分店實(shí)行由總店向其所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)統(tǒng)一申報(bào)繳納增值稅。至于自愿連鎖、特許連鎖，其納稅地點(diǎn)不變，仍由各獨(dú)立核算分店分別向所在地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申報(bào)繳納增值稅。