《國家稅務總局關于增值稅一般納稅人用進項留抵稅額抵減增值稅欠稅問題的通知》（國稅發[2004]112號）規定，對納稅人因銷項稅額小于進項稅額而產生期末留抵稅額的，應以期末留抵稅額抵減增值稅欠稅。《國家稅務總局關于增值稅一般納稅人將增值稅進項稅額抵減查補稅款欠稅問題的批復》（國稅函[2005]169號）規定，增值稅一般納稅人拖欠納稅檢查應補繳的增值稅稅款，如果納稅人有進項留抵稅額，可按照國稅發[2004]112號文的規定，用增值稅留抵稅額抵減查補稅款欠稅。
納稅人發生用進項留抵稅額抵減增值稅欠稅時，按以下方法進行會計處理：
（1）增值稅欠稅稅額大于期末留抵稅額，按期末留抵稅額紅字借記“應交稅金——應交增值稅（進項稅額）”科目，貸記“應交稅金——未交增值稅”科目。
（2）若增值稅欠稅稅額小于期末留抵稅額，按增值稅欠稅稅額紅字借記“應交稅金——應交增值稅（進項稅額）”科目，貸記“應交稅金——未交增值稅”科目。