商品批發企業增值稅進項稅額的會計處理，主要涉及“物資采購”、“庫存商品”和“應交增值稅（進項稅額）”等賬戶。按現行稅法規定，商業企業（一般納稅人）購進商品，進項稅額實行付款抵扣制，即只有付款或開出并承兌商業匯票后，才允許抵扣進項稅額。為了正確確認每期應抵扣的進項稅額，也可增設“待扣稅金——增值稅”賬戶。
工業品購進的進項稅額會計處理。
一、同城商品購進
批發商業企業向本地生產企業或商業企業購進商品，分提貨制和送貨制兩種購貨方式，一般采用支票、商業匯票、現金結算方式。貨款結算時，按購買價格，借記“物資采購”，按增值稅專用發票上注明的增值稅額，借記“應交稅金——應交增值稅（進項稅額）”，按購買價格與增值稅之和，貸記“應付賬款”、“應付票據”、“銀行存款”等；商品驗收入庫時，借記“庫存商品”，貸記“物資采購”或“在途商品”。
[例]某批發企業從本市服裝廠購進女襯衣1000件，88元／件，增值稅專用發票注明：價款88000元，稅額14960元（88000×17％），以轉賬支票付款。作會計分錄如下：
支付款時：
借：物資采購——某服裝廠 88000
應交稅金——應交增值稅（進項稅額） 14960
貸：銀行存款 102960
商品驗收入庫時：
借：庫存商品——襯衣 88000
貸：物資采購——某服裝廠 88000
二、異地商品采購
批發企業向外地供貨單位購進商品，一般采用發貨制方式，貨款通常采用異地托收承付等結算方式。由于商品發運與貨款結算完成時間不一致，往往形成“貨到單未到”或“單到貨未到”的情況。所以，會計核算一般分為兩步：接收商品和結算貨款。
在“單到貨未到”的情況下，購貨單位收到銀行轉來的供貨單位的“托收承付結算憑證”和“發貨單”及增值稅專用發票后，經審核無誤后，在規定承付時間內辦理貨款結算，應借記“物資采購”和“應交稅金——應交增值稅（進項稅額）”，貸記“銀行存款”；商品驗收入庫，財會部門根據倉庫轉來的“收貨單”，應借記“庫存商品”，貸記“物資采購”。
[例]某商業企業向外地某自行車廠購入自行車400輛，400元／輛，增值稅專用發票上注明：價款160000元，稅額27200元（400×400×17％），采用托收承付結算方式結算，單貨俱到。作會計分錄如下：
承付貨款時：
借：物資采購——××自行車廠 160000
應交稅金——應交增值稅（進項稅額） 27200
貸：銀行存款 187200
驗收入庫時：
借：庫存商品——自行車 160000
貸：物資采購——××自行車廠 160000
在“貨到單未到”的情況下，平時先不記賬。若到月終結算時，憑證仍未到達，按暫估的進貨原價入賬，借記“庫存商品”，貸記“應付賬款”；下月初再作相同的會計分錄用紅字沖回。