代理出口業務和代理進口業務一樣，由于盈虧由委托單位負擔，所以，按現行制度規定，其繳納的關稅由委托單位負擔，通過“國內賬款結算”或“應收賬款”賬戶核算。即在出口企業繳納出口關稅時，借記“國內賬款結算”或“應收賬款”賬戶，貸記“應交稅金—應交關稅”賬戶；同時借記“應交稅金—應交關稅竺賬戶，貸記”銀行存款“賬戶；收到委托單位支付的款項時，借記”銀行存款“賬戶，貸記”國內賬款結算“或”應收賬款“賬戶。
例如，華夏進出口公司代理某企業出口商品一批，該商品的離岸價格為450 000元，出口稅稅率為20%，手續費為13 500元。則應納關稅稅額的計算及有關會計處理如下：
（1）計算應納關稅稅額并作會計處理：
應納關稅稅額=450000- （1 + 20% ）×20% = 75000（元）
借：應收賬款 75 000
貸：應交稅金——應交關稅 75 000
借：應交稅金——應交關稅 75 000
貸：銀行存款 75 000
（2）計算應收手續費時：
借：應收賬款 13 500
貸：其他業務收入（手續費） 13 500
（3）收到委托單位支付的稅款及手續費時：
借：銀行存款 88 500
貸：應收賬款 88 500