企業彌補虧損的方式主要有三種：
1.企業發生虧損，可以用次年度的稅前利潤彌補，次年度利潤不足彌補的，可以在5年內延續彌補。
2.企業發生的虧損，5年內的稅前利潤不足彌補時，用稅后利潤彌補。
3.企業發生的虧損，可以用盈余公積金彌補。
以稅前利潤或稅后利潤彌補虧損，均不需要進行專門的賬務處理，只要將企業實現的稅后利潤自“本年利潤”科目結轉到“利潤分配——未分配利潤”科目的貸方，其貸方發生額與“利潤分配——未分配利潤”科目的借方余額自然抵補；所不同的是以稅前利潤進行彌補虧損的情況下，其彌補的數額可以抵減企業當期的應納稅所得額，而用稅后利潤進行彌補虧損的數額，則不能在企業當期的應納稅所得額中抵減。
例1某企業1999年發生虧損200萬元，在年度終了時，企業應當結轉本年發生的虧損。則處理為：
借：利潤分配——未分配利潤200
貸：本年利潤200
例2假設該企業2000年至2004年每年實現稅前利潤30萬元，根據制度規定，企業發生的虧損可以在五年內用稅前利潤進行彌補。該企業在2000年至2004年均可在稅前進行虧損彌補，在每年終了時，則處理為：
借：本年利潤30
貸：利潤分配——未分配利潤30
例3該企業2004年“利潤分配——未分配利潤”賬戶期末余額為借方余額50萬元，即還有50萬元虧損未進行彌補。假設該企業2005年實現稅前利潤80萬元，根據制度規定，該企業只能用稅后利潤彌補以前年度虧損，假設該企業適用的企業所得稅率為30%，企業沒有其他納稅調整事項，其應納稅所得額為80萬元，當年應繳納的所得稅為24（80×30%）萬元，則處理為：
1.計算應繳納所得稅：
借：所得稅24
貸：應交稅金——應交所得稅24
同時
借：本年利潤24
貸：所得稅24
2.結轉本年利潤，彌補以前年度未彌補的虧損：
借：本年利潤56
貸：利潤分配——未分配利潤56
3.該企業2005年“利潤分配——未分配利潤”科目的期末余額為貸方余額6（-50+56）萬元。
當企業用盈余公積金彌補虧損時，應當由公司董事會提議，并經股東大會批準。企業在用盈余公積金彌補虧損時，就應編制專門的會計處理分錄。
例4假設某公司2006年期末“利潤分配——未分配利潤”科目的余額為借方余額500萬元，公司董事會提議，并經股東大會批準用盈余公積金彌補虧損，此時應處理為：
借：盈余公積500
貸：利潤分配——盈余公積補虧500
借：利潤分配——盈余公積補虧500
貸：利潤分配——未分配利潤500