近日，山東省無棣縣某進出口有限公司向該縣國稅局咨詢，公司進口的貨物，有的取得了境外供貨商返還的資金，有的尚未付款，他們不知進口這兩批貨物取得的海關完稅憑證能否申請認證抵扣，要不要作進項稅轉出。
稅務人員告訴他，《中華人民共和國增值稅暫行條例》第八條規定，納稅人從海關取得的完稅憑證上注明的增值稅額準予從銷項稅額中抵扣。因此，納稅人進口貨物取得的合法海關完稅憑證，是計算增值稅進項稅額的唯一依據，其價格差額部分以及從境外供應商取得的退還或返還的資金，不作進項稅額轉出處理。同時，《國家稅務總局關于增值稅一般納稅人取得海關進口增值稅專用繳款書抵扣進項稅額問題的通知》（國稅發〔2004〕148號）規定，納稅人進口貨物，凡已繳納了進口環節增值稅的，不論其是否已經支付貨款，其取得的海關完稅憑證均可作為增值稅進項稅額抵扣憑證，在《國家稅務總局關于加強海關進口增值稅專用繳款書和廢舊物資發票管理有關問題的通知》（國稅函〔2004〕128號）中規定的期限內申報抵扣進項稅額。因此，該公司取得返還資金及未付款的海關完稅憑證，均可在《國家稅務總局關于加強海關進口增值稅專用繳款書和廢舊物資發票管理有關問題的通知》規定的在開具之日起90天后的第一個納稅申報期結束以前，向主管稅務機關申報抵扣。