國有企業進行公司制改建時，通常面臨應付工資、應付福利費和職工教育經費余額怎樣處理的敏感問題。對此，2005年1月26日，財政部曾經針對2002年制定的《企業公司制改建有關國有資本管理與財務處理的暫行規定》（財企[2002]313號）作出補充通知（即財企[2005]12號），明確規定將應付工資余額區分為拖欠工資和工資基金結余兩種情況分別處理。但是，各地方、各企業以及職工個人仍然存有一些疑問。針對這種情況，財政部近日印發了《關于企業公司制改建應付工資等余額財務處理的意見》（財辦企[2006]23號），對相關財務處理進一步提出了處理意見，具體包括以下三項內容：
一、企業應付工資余額包含應發未發工資與屬于實施“工效掛鉤”等分配辦法提取數大于應發數形成的工資基金結余兩個部分，前者是按照企業內部工資獎金分配辦法應當支付給職工卻沒有支付而形成拖欠的工資，后者是按照計劃經濟管理方式留存企業的國有資本積累。企業在公司制改建時，對應發未發工資應積極予以清償，對工資基金結余應轉為資本公積金。按工資總額一定比例提取的應付福利費及職工教育經費，其余額也隨同工資基金結余一并轉為資本公積金。
企業在公司制改建中，應付工資等余額轉增的資本公積金作為改建企業國有凈資產的組成部分，應當統籌安排，用于支付解除勞動合同的職工經濟補償金、為移交社會保障機構管理的職工一次性繳付的社會保險費以及預提的符合國家政策規定內退人員所需生活費、社會保險費等改革成本。如有結余，再按規定折合為國有股份，或者向企業員工及其他投資者有償轉讓。
二、改建企業應當規范操作，嚴格界定應發未發工資與工資基金結余的界限，并在評估作價之前作好相關賬務調整工作。
企業在《財政部關于〈企業公司制改建有關國有資本管理與財務處理的暫行規定有關問題〉的補充通知》（財企[2005]12號）下發之前已完成公司制改建，且結余的工資基金、應付福利費及職工教育經費當時未結轉資本公積金的，現有余額應當向原國有股東作出清償后核銷相應負債，或者將其轉作國有獨享資本公積金，留待以后增資擴股時轉增國有股份。
三、已經改建為有限責任公司的企業，再變更為股份有限公司時，應付工資等余額的財務處理，可以比照國有企業進行公司制改建的財務處理原則執行。