房屋、建筑物的預計使用年限往往低于其占用的土地使用權的預計使用年限，如企業所征用土地的使用期限是50年，而房屋、建筑物的折舊年限僅20年，則在房屋、建筑物折舊完畢并報廢后，其所占用的土地使用權的價值是隨房屋、建筑物提前攤入成本稅前扣除，還是按尚可使用年限保留相應的價值？由于建筑物折舊年限與土地使用年限的差異帶來的問題究竟如何處理？
財政部《實施〈企業會計制度〉及其相關準則問題解答》（財會〔2001〕43號，簡稱43號文）規定，如果土地使用權的預計使用年限高于房屋、建筑物的預計使用年限的，在預計該項房屋、建筑物的凈殘值時，應當考慮土地使用權的預計使用年限高于房屋、建筑物預計使用年限的因素，并作為凈殘值預留，待該房屋、建筑物報廢時，將凈殘值中相當于尚可使用的土地使用權價值的部分，轉入繼續建造的房屋、建筑物的價值，如果不再繼續建造房屋、建筑物的，則將其價值轉入無形資產進行攤銷。如公司將土地連同地上房屋、建筑物一并出售的，按其賬面價值結轉固定資產清理。
在日常實務中，有相當一部分的房屋、建筑物折舊年限已滿且已提足折舊，但仍在正常使用，而土地使用權沒有到期。對于這種情形，筆者認為，雖然會計制度和稅法均沒有明確規定，但不管是以房屋、建筑物計提折舊還是按照無形資產攤銷的方式，其計入稅前扣除的金額是相等的，即均是土地使用權的攤銷額。所以，對已提足折舊但仍在繼續使用的房屋、建筑物，應該將原預計的殘值繼續掛賬，并按照土地使用權攤余的價值繼續計提折舊。
在實務中也有可能出現與上述情況恰恰相反的情形。在房屋、建筑物還沒有折舊完畢以前，土地使用權的期限已到，在此情形下，筆者認為應該提前向國有土地管理部門提出申請，在得到許可后補繳土地出讓金以延續土地使用期限，在獲得繼續使用土地的批準后，可將補繳的土地使用費補記入相關房屋、建筑物的成本，并在新續土地使用權的使用期限內平均攤銷（或計提折舊）。
但是，在日常會計實務中，許多企業往往在將土地成本一次性地全部轉入所建房屋或建筑物的成本后，按照固定資產原值（含土地使用權的全部價值）全額計提折舊，忽略了土地使用權預計使用年限高于房屋、建筑物預計使用年限的因素，從而多計提折舊，少實現了利潤，少繳了所得稅。所以，對于一般企業而言，在將征用土地使用權的成本轉入房屋、建筑物并構成房屋、建筑物的實際成本以后，應當考慮因土地使用權的預計使用年限高于房屋、建筑物預計使用年限的因素并作為凈殘值預留，并按規定進行攤銷或計提折舊，以保證土地使用權相關會計核算的正確性。