增值稅一般納稅人在生產經營過程中所支付的運輸費用如外購和銷售貨物（固定資產除外）所支付的運輸費用（包括管道運輸費用），實行增值稅擴大抵扣范圍企業外購固定資產除外，可以根據套印有全國統一發票監制章的運輸費用結算單據（普通發票）所列運費金額，按購進或銷售應稅貨物支付的運輸費用按7%的扣除率計算進項稅額抵扣。一般而言，增值稅一般納稅人準予抵扣的運費結算單據分為兩種，一種是國有運輸單位開具的發票，是指國有鐵路、民用航空、公路和水上運輸單位開具的貨票；一種是從事貨物運輸的非國有運輸單位開具的套印全國統一發票監制章的貨票，這里的非國有運輸單位指的是具有正式運營資格的企業或個體經營者。準予抵扣的貨物運費金額是指在運輸單位開具的貨票上注明的運費、建設基金。
根據《財政部、國家稅務總局關于運輸費用和廢舊物資準予抵扣進項稅額問題的通知》（財稅字〔1994〕12號）、《財政部、國家稅務總局關于增值稅幾個稅收政策問題的通知》（財稅字〔1994〕60號）、《增值稅問題解答（之一）》（國稅函發〔1995〕288號）、《國家稅務總局關于加強增值稅征收管理若干問題的通知》（國稅發〔1995〕192號）、《國家稅務總局關于加強增值稅征收管理若干問題的通知》（國稅發〔1995〕192號）、《國家稅務總局關于加強貨物運輸業稅收征收管理的通知》（國稅發〔2003〕121號）、《國家稅務總局關于增值稅一般納稅人支付的貨物運輸代理費用不得抵扣進項稅額的批復》（國稅函〔2005〕54號）、《財政部、國家稅務總局關于增值稅若干政策的通知》（財稅〔2005〕165號）等相關規定，運輸費用涉稅抵扣有著諸多禁止性規定，踏入“禁區”將不能享受相關的抵扣政策。不準予抵扣的運輸費用具體范圍包括：增值稅一般納稅人購進或銷售固定資產（東北以外地區固定資產除外）所發生的運輸費用，不得計算進項稅額抵扣。
增值稅一般納稅人購買或銷售免稅貨物所發生的運輸費用，不得計算進項稅額抵扣。
隨同運費支付的裝卸費、保險費等其他雜費不得計算進項稅額抵扣，增值稅一般取得貨運發票應當分別注明運費和雜費，對未分別注明，而合并注明為運雜費的不予抵扣。
增值稅一般納稅人采取郵寄方式銷售、購買貨物所支付的郵寄費，不允許計算進項稅額抵扣。
增值稅一般納稅人購進、銷售貨物所支付的運輸費用明顯偏高、經過審查不合理的，不予抵扣運輸費用。
增值稅一般納稅人發生的運輸費用，取得的貨運定額發票，不允許計算進項稅額抵扣。
國際貨物運輸代理業務是國際貨運代理企業作為委托方和承運單位的中介人，受托辦理國際貨物運輸和相關事宜并收取中介報酬的業務。增值稅一般納稅人支付的國際貨物運輸代理費用，不得作為運輸費用抵扣進項稅額。
增值稅一般納稅人購進貨物或應稅勞務，支付運輸費用，準予計算進項稅額扣除的貨運發票，其發貨人、收貨人、起運地、到達地、運輸方式、貨物名稱、貨物數量、運輸單價、運費金額等項目的填寫必須齊全，與購貨發票（附有運輸清單的匯總開具的運輸發票除外）上所列的有關項目必須相符，否則不予抵扣。一般納稅人購進或銷售貨物（東北以外地區固定資產除外）通過鐵路運輸，并取得鐵路部門開具的運輸發票，如果鐵路部門開具的鐵路運輸發票托運人或收貨人名稱與其不一致，但鐵路運輸發票《托運人》欄或《備注》欄注有該納稅人名稱的（手寫無效），該運輸發票可以作為進項稅額抵扣憑證，允許計算抵扣進項稅額。
除運輸單位提供運輸勞務自行開具的運輸發票，運輸單位主管地稅局及省級地稅局委托的代開發票中介機構為運輸單位和個人代開的運輸發票準予抵扣外，其他單位代運輸單位和個人開具的運輸發票一律不得抵扣。
一般納稅人取得的匯總開具的運輸發票，未附有運輸企業開具并加蓋財務專用章或發票專用章的運輸清單，不允許計算抵扣進項稅額。
另外，根據《財政部、國家稅務總局關于東北地區擴大增值稅抵扣范圍若干問題的規定》（財稅〔2004〕156號）規定：黑龍江省、吉林省、遼寧省和大連市從事裝備制造業、石油化工業、冶金業、船舶制造業、汽車制造業、農產品加工業產品生產為主的增值稅一般納稅人購進（包括接受捐贈和實物投資）固定資產以及為固定資產所支付的運輸費用，其進項稅額準予按照規定抵扣。非試點地區不得享受上述優惠政策。