企業補充醫療保險是指參加各項社會保險并按時足額繳納社會保險費的企業，可在按規定參加當地基本醫療保險基礎上，建立補充醫療保險，用于對城鎮職工基本醫療保險制度支付以外由職工個人負擔的醫藥費用進行的適當補助，減輕參保職工的醫藥費負擔；商業保險是指企業為職工支付的各種商業性質的保險費用。對企業為職工支付的補充醫療保險和商業保險費用應按相關會計及稅務規定處理。
一、補充醫療保險及商業保險的會計處理：
（一）關于補充醫療保險，財政部、勞動保障部《關于企業補充醫療保險有關問題的通知》（2002[18]號）規定，企業補充醫療保險費在工資總額4%以內的部分，企業可直接從成本中列支，不再經同級財政部門審批；《企業財務通則》第四十三條規定已參加基本醫療、基本養老保險的企業，具有持續盈利能力和支付能力的，可以為職工建立補充醫療保險和補充養老保險，所需費用按照省級以上人民政府規定的比例從成本（費用）中提取，但超出規定比例的部分，由職工個人負擔。
關于企業為職工購買商業保險問題，會計及財務通則并未規定具體的數據及計提比例，對企業購買以商業保險形式提供給職工的各種保險待遇企業提供的職工薪酬，應按職工薪酬的原則進行確認、計量和披露。
（二）《企業會計準則第9號——職工薪酬》第五條規定：企業為職工繳納的各種保險，在職工為企業提供服務的會計期間，根據受益對象，將應付的職工薪酬確認為負債，全部計入資產成本或當期費用。對貨幣性薪酬，具有明確計提標準的，按國務院及省級人民政府或經批準的企業年金計劃規定計提基礎和計提比例的，應按規定的計提標準計量企業承擔的職工薪酬義務和計入成本費用的職工薪酬，對沒有明確計提標準，企業應根據歷史經驗數據和自身實際情況計算確定應付職工薪酬金額和應計入成本費用的薪酬金額。
二、補充醫療保險及商業保險的稅務處理：
（一）企業所得稅處理：
1、補充醫療保險的企業所得稅處理：《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》第三十五條規定：企業為投資者或者職工支付的補充養老保險費、補充醫療保險費，在國務院財政、稅務主管部門規定的范圍和標準內，準予扣除。到目前為止，財政部、稅務總局并未明確相關的范圍及標準，筆者認為稅法應參照會計及企業財務通則相關規定執行，對其計提比例應按照財政部、勞動保障部2002[18]號規定按工資總額4%以內的比例或按省級以上人民政府規定的比例進行所得稅扣除。若各省級人民政府已規定比例的應按省級人民政府的標準計提，若未規定的，則按工資總額4%以內的比例進行稅前扣除。
相關依據：
（1）《廈門市地方稅務局關于轉發企業補充醫療保險有關問題的通知》規定，根據財政部、勞動保障部《關于企業補充醫療保險有關問題的通知》（財社[2002]18號）文件規定，對我市為職工建立補充醫療保險的企業，其補充醫療保險在工資總額4%以內的部分，準予在繳納企業所得稅前全額扣除。
（2）《浙江省勞動和社會保障廳、浙江省財政廳關于建立企業補充醫療保險的意見》（浙勞社[2002]149號）規定為全體雇員繳納補充養老保險、補充醫療保險，補充養老保險在不超過本企業工資總額5%的范圍內、補充醫療保險在不超過本企業工資總額4%的范圍內，據實在稅前扣除。上述工資總額的計算應與基本養老保險、基本醫療保險計算基數一致。
2、支付商業保險的企業所得稅處理：企業為職工繳納的商業保險不得在所得稅稅前扣除，應作為企業應納稅所得額的納稅調整項目，調增企業應納稅所得額，交納企業所得稅。依據：
（1）《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》第三十六條規定：除企業依照國家有關規定為特殊工種職工支付的人身安全保險費和國務院、稅務主管部門規定可以扣除的其他商業保險費外，企業為投資者和職工支付的商業保險費不得扣除。
（2）國稅發[2000]84號第五十條規定，納稅人為其投資者或雇員個人向商業保險機構投保的人壽保險或財產保險，以及在基本保障以外為雇員投保的補充保險，不得扣除
（二）個人所得稅處理：企業為個人購買的企業補充醫療保險及商業保險應視同職工的工資收入，并入個人工資薪金所得按規定繳納個人所得稅。依據：
1、《中華人民共和國個人所得稅法實施條例》（2005年修訂）第25條，按國家規定，單位為個人繳付和個人繳付的基本養老保險費、基本醫療保險費、失業保險費、住房公積金，從納稅人的應納稅所得額中扣除。對超過國家或地方政府的比例繳付的部分應將其計入個人當期的工資、薪金收入計征個人所得稅。
2、《國家稅務總局關于單位為員工支付有關保險繳納個人所得稅稅的批復》（國稅函[2005]318號）規定，依據個人所得稅法及有關規定，對企業為員工支付各項免稅之外的保險金，應在企業向保險公司繳付時并入員工當期的工資收入，按“工資、薪金所得”項目計征個人所得稅，稅款由企業代扣代繳。
3、《財政部、國家稅務總局關于基本養老保險、基本醫療保險費、失業保險費用、住房公積金有關個人所得稅政策的通知》（財稅[2006]10號）規定，企事業單位或個人超過國家或省級人民政府規定的比例和標準繳納的基本養老保險、基本醫療保險費、失業保險費用、住房公積，應將超過部分計入個人當期的工資、薪金收入計征個人所得稅。