現(xiàn)階段在各審計(jì)項(xiàng)目中進(jìn)行的計(jì)算機(jī)審計(jì)，雖然在技術(shù)和方法上對傳統(tǒng)審計(jì)有較大的影響和改變，但從審計(jì)程序方面來分析，計(jì)算機(jī)審計(jì)實(shí)施的過程仍然遵循傳統(tǒng)審計(jì)的工作程序，也就是說，計(jì)算機(jī)審計(jì)的過程仍可用審計(jì)準(zhǔn)備、審計(jì)實(shí)施、審計(jì)報告三個階段來劃分。
按傳統(tǒng)審計(jì)的劃分方式，審計(jì)準(zhǔn)備階段的任務(wù)是：派出審計(jì)人員進(jìn)行審前調(diào)查，了解被審計(jì)單位基本情況，明確審計(jì)重點(diǎn)，研究制定審計(jì)實(shí)施方案，發(fā)出審計(jì)通知書。在實(shí)施
計(jì)算機(jī)審計(jì)時依然如此，只不過方法和內(nèi)容有所區(qū)別。具體工作內(nèi)容有：按審計(jì)調(diào)查組組內(nèi)分工，承擔(dān)實(shí)施計(jì)算機(jī)審計(jì)任務(wù)的審計(jì)人員要對被審計(jì)單位會計(jì)信息系統(tǒng)和業(yè)務(wù)信息系統(tǒng)進(jìn)行全面調(diào)查和了解，并根據(jù)其他審計(jì)人員調(diào)查的內(nèi)容和重點(diǎn)，確定需要采集和轉(zhuǎn)換哪些數(shù)據(jù)，然后再進(jìn)行數(shù)據(jù)的采集和轉(zhuǎn)換。從目前大多項(xiàng)目計(jì)算機(jī)審計(jì)的實(shí)施過程來看，采集轉(zhuǎn)換數(shù)據(jù)普遍采用了兩種方式：一是要求被審計(jì)單位按要求格式和內(nèi)容提供審計(jì)所需數(shù)據(jù)。二是經(jīng)數(shù)據(jù)庫管理員授權(quán)，由計(jì)算機(jī)審計(jì)人員直接進(jìn)入被審計(jì)單位數(shù)據(jù)庫系統(tǒng)提取數(shù)據(jù)。
實(shí)施計(jì)算機(jī)審計(jì)人員拿到需要的數(shù)據(jù)后，要根據(jù)審計(jì)需求進(jìn)行數(shù)據(jù)整理。目前數(shù)據(jù)整理的方式大致有以下幾種方式：一是將采集的財(cái)務(wù)原始電子數(shù)據(jù)整理成和紙質(zhì)賬簿相似的電子賬簿，以供還未掌握數(shù)據(jù)庫操作技術(shù)的審計(jì)人員能夠使用電子數(shù)據(jù)進(jìn)行審計(jì)分析。二是將采集的財(cái)務(wù)數(shù)據(jù)、業(yè)務(wù)數(shù)據(jù)再整理導(dǎo)入到專用審計(jì)軟件中，以供掌握該軟件操作的審計(jì)人員使用。三是將采集的財(cái)務(wù)數(shù)據(jù)、業(yè)務(wù)數(shù)據(jù)再整理成各種數(shù)據(jù)表，導(dǎo)入到通用的數(shù)據(jù)庫操作系統(tǒng)軟件（如SQL SERVER系統(tǒng)等）中，以供熟練掌握數(shù)據(jù)庫操作技術(shù)的審計(jì)人員使用。
在審計(jì)實(shí)施階段，審計(jì)人員要根據(jù)審計(jì)實(shí)施方案中的審計(jì)分工和審計(jì)重點(diǎn)，把計(jì)算機(jī)審計(jì)技術(shù)和傳統(tǒng)審計(jì)技術(shù)相結(jié)合，運(yùn)用分析性測試程序和實(shí)質(zhì)性測試方法，對所采集轉(zhuǎn)換的報表、賬戶等電子財(cái)務(wù)數(shù)據(jù)和相關(guān)的業(yè)務(wù)數(shù)據(jù)進(jìn)行檢索、查詢、計(jì)算、核對、匯總等，并根據(jù)審計(jì)經(jīng)驗(yàn)對結(jié)果數(shù)據(jù)進(jìn)行分析、推理和判斷，從中找出審計(jì)對象在進(jìn)行經(jīng)濟(jì)活動時存在的問題疑點(diǎn)，加以確認(rèn)和證實(shí)，并對照相關(guān)法規(guī)加以判斷，以確定其經(jīng)濟(jì)活動的真實(shí)性、合法性。這一階段計(jì)算機(jī)審計(jì)主要有以下內(nèi)容：一是定義、操作和分析電子數(shù)據(jù)，查找和證實(shí)審計(jì)對象存在的問題。二是編制審計(jì)日記和審計(jì)工作底稿，記錄審計(jì)過程。三是整理審計(jì)數(shù)據(jù)，形成審計(jì)證據(jù)。
在審計(jì)報告階段，審計(jì)人員通過篩選整理審計(jì)工作底稿，確認(rèn)審計(jì)證據(jù)，并據(jù)以撰寫、提交審計(jì)報告，審計(jì)機(jī)關(guān)形成審計(jì)決定和審計(jì)意見書，并督促落實(shí)審計(jì)決定。在此階段，計(jì)算機(jī)審計(jì)人員要整理審計(jì)過程中所形成的原始數(shù)據(jù)、中間結(jié)果數(shù)據(jù)和最后結(jié)果數(shù)據(jù)，整理審計(jì)工作底稿和相應(yīng)的審計(jì)證據(jù)數(shù)據(jù)，充分利用法規(guī)查詢系統(tǒng)資源提供準(zhǔn)確、可靠的法律法規(guī)依據(jù)，并要為各類統(tǒng)計(jì)系統(tǒng)和檔案系統(tǒng)提供相應(yīng)的原始數(shù)據(jù)。計(jì)算機(jī)審計(jì)工作內(nèi)容主要有：一、整理、存檔審計(jì)過程中形成的相關(guān)數(shù)據(jù)。二、為統(tǒng)計(jì)報表、檔案庫、專家經(jīng)驗(yàn)庫等基礎(chǔ)資料庫提供相關(guān)數(shù)據(jù)。
