各級財政部門用基金預算收入安排的支出。
種類 與基金預算收入相對應，基金預算支出也相應分類：（1）工業交通部門基金支出，包括三峽工程基金、電力建設基金、車輛購置費、養路費、鐵路建設基金、公路建設基金、民航基礎設施建設基金、郵電附加費、港口建設費等項支出；（2）商貿部門基金支出，如中央外貿發展基金支出；（3）文教部門基金支出，包括城市教育費附加支出、農村教育費附加支出、文化事業建設費等項支出；（4）社會保障基金支出，包括企業職工基本養老金保險基金、職工醫療保險基金、企業職工失業保險基金、企業女生育保險基金等項支出；（5）農業部門基金支出，包括灌溉水源灌排工程補助支出、育林基金專項支出等；（6）其它部門基金支出，包括旅游發展基金支出、礦產資源補償費支出、排污費支出、城市水資源費支出等；（7）地方財政稅費附加支出，包括基本建設支出、挖潛改造支出、城市維護支出、行政事業經費支出等。
管理方式 將基金預算收入與基金預算支出的分類相對比可以看出，基金預算收入和基金預算支出的前六類分類口徑是一致的，只有地方財政稅費附加收入與地方財政稅費附加支出在內容上不一致。因此，基金預算支出的管理分為以下兩種情況進行：（1）對數額較大的政府性基金，改變了過去作為預算外資金由有關部門自行懲睡、自行使用、逢行管理的作法，統一納入預算管理，其支出由同級財政統籌安排，并可將基金的一部分用于平衡預算。
核算方法 各項基金都有特定的來源和用途，因此，總預算會計對其進行核算時應本著先收后支、分項核算的原則。所謂先收后支指總預算會計必須認真的確認單位調撥的項目是否有足夠的資金來源的情況下，才能予以撥款；分項核算指總預算會計必須按國家預算基金收支科目的規定對不同基金項目進行分別核算。基金預算支出設置“基金預算支出”科目核算，借方記載有關基金支出的發生數，貸方登記支出收回或沖銷轉賬數，借方余額反映基金預算支出累計數。
