規范科學事業單位的財務行為，加強財務管理、提高資金使用效益的具體行政法規。現行《科學事業單位財務制度》由財政部、國家科委于1997年3月25日頒布，自1997年1月1日起執行，共分十章五十三條。
第一章總則，明確本制度適用于納入事業單位財務管理體系的國有科學事業單位；明確單位財務管理的基本原則和主要任務。
第二章單位預算管理，明確單位預算是單位根據事業發展計劃和任務編制的年度財務收支計劃，國家對科學事業單位實行核定收支、定額或者定項補助、超支不補、結余留用的預算管理辦法：對主要從事理論研究、基礎研究和社會公益研究的單位，以及國家賦予專業服務和管理職能的單位，實行定額或者定項補助；對主要從事技術開發研究和科技服務的單位，實行定項補助，定項補助可以為零；少數非財政收入大于支出較多的單位，可以實行收入上繳辦法。明確單位預算由收入預算和支出預算組成；編制預算必須堅持以堅定支、收支平衡、統籌兼顧、保證重點的原則，不得編制赤字預算；明確預算編制和審批程序、預算調整。
第三章收入管理，明確收入的性質、構成及其體內容；明確單位收入管理必須遵循的要求。
第四章支出及成本費用管理，明確支出的性質、構成及其具體內容；明確主要從事應用開發研究和科技服務的單位，以及其他有條件的單位，可根據專業業務及其輔助活動、生產經營活動以及經濟管理的實際需要，實行內部成本費用管理辦法；明確實行內部成本費用管理辦法的科學事業單位，應以研究室、業務部、課題組等為核算單位，以科研課題、項目、產品等為基本核算對象，進行多層次的成本費用核算。
第五章結余及其分配，明確結余的性質、構成及其用途；明確經營結余應當單獨反映；明確結余的分配程序。
第六章專用基金管理，明確專用基金的性質、構成及形成來源；明確專用基金的提取比例及管理辦法。
第七章資產管理，明確資產的性質、構成及其具體內容；明確各類資產管理的具體要求。
第八章負債管理，明確負債的性質、構成及其具體內容；明確對不同性質和不同期限的負債應進行分類管理；對借入款項應當按時清償；對合同預收款項在合同完成或者階段性完成后及時結轉為收入；對應付款項，要按時清付；對各項應繳稅費，應當依據國家法律法規計繳。
第九章財務清算，明確單位按規定劃轉撤并時，應當對單位的財產、債權和債務進行清算；明確財務清算機構的職責；明確清理單位資產的處理辦法。
第十章財務報告和財務分析，明確財務報告的性質及使用；明確財務報告的構成；明確財務分析的內容及財務分析指標。
第十一章附則，明確單位基本建設投資的財務管理，按照國家有關規定辦理；明確中國科協和地方科協所屬事業單位執行本制度；明確經財務主管部門和財政部門批準的具備條件的單位及其附屬獨立核算的生產經營單位執行《企業財務通則》和同行業或者相近待業企業財務制度，不執行本制度。
