稅收征管的一般程序包括稅務登記、賬簿和憑證管理、發票管理、納稅申報、稅款征收、稅務檢查等環節。稅收征管法對稅務機關和納稅人在各環節的權利、義務進行了規范，并明確了不履行義務的行政或法律責任。
一、稅務登記
稅務登記是納稅人在開業、歇業前以及生產經營期間發生變動時，就其生產經營的有關情況向所在地稅務機關辦理書面登記的一種制度。稅務登記是稅收征管的首要環節，具有應稅收入、應稅財產或應稅行為的各類納稅人，都應依法辦理稅務登記。
（一）稅務登記辦理要求及適用范圍
1.開業登記。從事生產經營的納稅人，在領取營業執照之后的30天內，持相關證件和資料，向稅務機關申報辦理設立登記。稅務機關自收到申請之日起，在30天內審核并發給稅務登記證件。
2.變更登記。納稅人稅務登記內容發生變化的，在工商行政管理機關辦理變更登記后的30天內，持有關證件向稅務機關申報辦理變更稅務登記。
3.停復業登記。定期定額征收方式的納稅人在營業執照核準的經營期限內需要停業或復業的，向稅務機關提出申請，經稅務機關審核后進行停業或復業稅務登記。納稅人在停業期間發生納稅義務的，應當按照稅收法律、行政法規的規定申報繳納稅款。停業期滿不能及時恢復生產經營的，應提前向稅務機關提出延長停業登記申請，否則稅務機關視為已復業進行征稅和管理。
4.注銷登記。納稅人發生解散、破產、撤銷以及其他情形，需要依法終止納稅義務的，納稅人應當在向工商行政管理機關申請辦理注銷之前，向稅務機關申報辦理注銷登記。納稅人需要向稅務機關提交相關證件和資料，結清應納稅款、多退（免）稅款、滯納金和罰款，繳銷發票、稅務登記證和其他稅務證件，經稅務機關核準后，辦理注銷稅務登記手續。
5.報驗登記。從事生產、經營的納稅人到外縣（市）臨時從事生產、經營活動時，應當向營業地稅務機關申請報驗登記。
（二）稅務登記證管理
1.定期換證制度。稅務機關實行稅務登記證定期換證制度，一般三年一次。
2.年檢制度。稅務機關實行稅務登記證年檢制度，一般一年一次。
3.國、地稅局聯合辦理稅務登記制度。稅務機關積極推行國稅局、地稅局聯合辦理稅務登記制度，方便納稅人，加強管戶配合。
4.部門配合制度。為推進社會綜合治稅，稅收征管法規定工商行政管理機關應當將辦理登記注冊、核發營業執照情況，定期向稅務部門通報；銀行或其他金融機構應在從事生產、經營的納稅人的賬戶中登錄稅務登記證件號碼，并為稅務部門依法查詢納稅人開戶情況予以協助。
5.遺證補辦制度。納稅人、扣繳義務人遺失稅務登記證件的，應在規定期限內按程序向主管稅務機關申請補辦稅務登記證件。
（三）違法處理
納稅人未按規定辦理、使用登記證；納稅人的開戶銀行和其他金融機構未按稅收征管法的規定在從事生產、經營的納稅人賬戶中登錄稅務登記證號碼，或者未按規定在稅務登記證中登錄納稅人賬號的，由稅務機關責令限期改正，并視情節給予相應罰款等行政處罰。
二、賬簿和憑證管理
賬簿是納稅人、扣繳義務人連續記錄其各種經濟業務的賬冊和簿籍。憑證是納稅人用來記錄其各種經濟業務，明確經濟責任，并據以登記賬簿的書面證明。稅務部門按照稅收法律、行政法規和財務會計制度規定，對納稅人的會計賬簿、憑證等實行管理和監督，是稅收征管的重要環節。
1.納稅人財務、會計制度備案制度。從事生產經營的納稅人應當自領取營業執照之日起15日內，將其財務、會計制度或者財務、會計處理辦法和會計核算軟件，報送主管稅務機關備案。采用計算機記賬的，其記賬軟件和使用說明及有關資料在使用前也應當報送稅務機關備案。
2.企業財務會計制度與稅收規定不一致的處理辦法。納稅人執行的財務、會計制度或辦法與稅收規定抵觸的，依照有關稅收規定計算納稅。
3.賬簿設置要求。納稅人應按要求設置總賬、明細賬、日記賬（特別是現金日記賬和銀行存款日記賬）以及與履行納稅義務有關的其他輔助賬簿。
4.記賬憑證使用要求。記賬憑證應合法、有效。合法，是指要按照法律、行政法規的規定取得填制憑證、不得使用非法憑證；有效，是要求取得和填制的憑證內容真實，要素齊全。
5.賬簿及憑證保管要求。納稅人應按《會計檔案管理辦法》規定保存賬簿、記賬憑證、完稅憑證及其他有關資料，不得偽造、變造或者擅自損毀。
6.稅控裝置使用要求。稅務部門根據稅收征收管理的需要，積極推廣稅控裝置。納稅人應當按照規定安裝、使用稅控裝置，不得損毀或擅自改動稅控裝置。
7.違法處理。納稅人未按規定設置、保管賬簿或者保管記賬憑證和有關資料，未按規定將財務、會計制度或辦法和會計核算軟件報送稅務機關備查，未按規定安裝使用稅控裝置，非法印制完稅憑證的，由稅務機關責令限期改正，并視情節給予相應罰款等行政處罰。
三、發票管理
發票是生產、經營單位和個人在購銷商品、提供和接受服務以及從事其他經營活動中，開具、收取的收付款憑證。按照發票使用范圍，分為增值稅專用發票和普通發票兩大類。稅務機關是發票主管機關，負責發票印制、領購、開具、取得、保管、繳銷的管理和監督。
（一）發票印制
發票一般由稅務機關統一設計式樣，設專人負責辦理印制和管理，并套印全國統一發票印制章。其中，增值稅專用發票由國家稅務總局指定的企業印制；普通發票，分別由各省、自治區、直轄市國家稅務局、地方稅務局指定企業印制，對某些特殊經營行業，可由各主管部門統一設計發票格式、內容，報請主管稅務機關審核同意，發給“發票印制通知書”。
未經上述稅務機關指定，任何單位和個人不得擅自印制發票。
（二）發票領購
1.依法辦理稅務登記的單位和個人，在領取稅務登記證件后，可提交有關材料，向主管稅務機關申請領購發票。對無固定經營場地或者財務管理制度不健全的納稅人申請領購發票，主管稅務機關有權要求其提供擔保人，不能提供擔保人的，可以視情況要求其提供保證金，并限期繳銷發票。
2.納稅人可以根據自己的需要，履行必要的手續后，申請領購普通發票。申請領購增值稅專用發票的單位和個人必須是增值稅一般納稅人。但增值稅一般納稅人會計核算不健全，不能向稅務機關準確提供增值稅銷項稅額、進項稅額、應納稅額及其他有關增值稅稅務資料；銷售貨物全部屬于免稅項目的；有稅收征管法規定的稅收違法行為、拒不接受稅務機關處理的，或者有下列行為之一，經稅務機關責令限期改正而仍未改正的，不得領購增值稅專用發票：虛開增值稅專用發票；私自印制專用發票；向稅務機關以外的單位和個人買取專用發票；借用他人專用發票；未按規定開具專用發票；未按規定保管專用發票和專用設備；未按規定申請辦理防偽稅控系統變更發行；未按規定接受稅務機關檢查。
3.臨時到本省、自治區、直轄市以外從事經營活動的單位或者個人，除了具備領購發票的一般條件外，應當憑所在地稅務機關開具的外出經營證明，并按規定提供保證人或者繳納不超過1萬元的保證金，向經營地主管稅務機關申請領購經營地發票，并限期繳銷。
4.稅務部門對納稅人領購發票實行交舊領新、驗舊領新、批量供應方式。
（三）發票開具
銷貨方應按規定填開發票；購買方應按規定索取發票；納稅人進行電子商務必須開具或取得發票；發票要全聯一次填寫，嚴禁開具"大頭小尾"發票；發票不得跨省、直轄市、自治區使用，開具發票要加蓋財務印章或發票專用章；開具發票后，如發生銷貨退回需要開紅字發票的，必須收回原發票并注明"作廢"字樣或取得對方有效證明；發生銷貨折讓的，在收回原發票并注明"作廢"后，重新開具發票。
增值稅一般納稅人銷售貨物和應稅勞務，除另有規定外，必須向購買方開具增值稅專用發票。
（四）取得發票的管理
單位和個人在購買商品、接受經營服務或從事其他經營活動支付款項時，要按規定索取合法發票。對不符合規定的發票，包括發票本身不符合規定（白條或偽造的假發票、作廢的發票等）、發票開具不符合規定、發票來源不符合規定的，任何單位和個人有權拒收。
（五）發票的保管和繳銷
稅務機關內部或者用票單位和個人必須建立嚴格的發票專人保管制度、專庫保管制度、專賬登記制度、保管交接、定期盤點制度，保證發票安全。用票單位和個人應按規定向稅務機關上繳已經使用或未使用的發票，稅務機關應按規定統一將已經使用或者未使用的發票進行銷毀。
（六）違法處理
違反發票管理規定，未按規定印制發票或者生產防偽專用品，未按規定領購、開具、取得、保管發票，非法攜帶、郵寄、運輸或者存放空白發票，私自印制、偽造變造、倒買倒賣發票等行為，稅務機關可以查封、扣押或者銷毀，沒收非法所得和作案工具，并處以相應罰款等行政處罰，情節嚴重構成犯罪的，移送司法機關處理。