根據《國家稅務總局關于新版公路、內河貨物運輸業統一發票有關使用問題的通知》（國稅發[2007]101號）精神，受票方取得貨運發票后，發生開票有誤等情形但不符合作廢條件或者因運費部分退回需要開具紅字發票的，應由受票方向其主管稅務機關填報《開具紅字公路、內河貨物運輸業發票申請單》（以下簡稱《申請單》）。受票方主管稅務機關對《申請單》審核無誤后，簽發《開具紅字公路、內河貨物運輸業發票通知單》（以下簡稱《通知單》），然后，受票方持《通知單》要求承運方開具紅字運輸發票。如果原發票是由稅務機關或中介機構代為開具的，則由承運方負責到原代為開具方辦理開具紅字運輸發票事宜。
但在開具紅字發票過程中應注意以下幾個問題：
1、在開具紅字發票前，如果開票方（指自開票納稅人）和受票方均未記賬、貨運發票全部聯次可以收回、同時代為開具發票單位代扣的稅款也未入庫的，應對全部聯次監制章部位做剪口處理后封存，不再開具紅字發票，重新開具藍字發票即可；但如果有一方已經入賬、貨運發票不能全部聯次收回、或代為開具發票單位已將代扣的稅款入庫時，則必須開具紅字發票。需要注意的是：在這種情況下，在下次領購新貨運發票時應將剪口后的貨運發票全部聯次交稅務機關查驗留存。
2、受票方為營業稅納稅人的，應提供地稅主管稅務機關簽發的《通知單》；受票方為增值稅納稅人的，應提供國稅主管稅務機關簽發的《通知單》。
3、開具紅字發票時應在價稅合計的大寫金額第一字前加“負數”字，在小寫金額前加“-”號。
4、月末在報送稅控盤（或傳輸盤）數據時應將《通知單》一并交主管稅務機關審核、比對；比對不符的，不再允許開具紅字貨運發票，并按有關規定進行處理。
5、不論是自開票納稅人還是代為開具票納稅人，因開具紅字運輸發票而多繳的稅款，要及時向主管稅務機關（地稅部門）申請辦理退庫手續。