企業注銷有很多種原因。對于破產的那種，存貨可能都用來抵債了。但是事實中企業因歇業、解散、撤銷等情形，注銷稅務登記和注銷登記等情況時有發生。企業注銷登記時都或多或少有存貨〔原材料、包裝物、低值易耗品、半成品、產成品、商品、分期收款發出商品等〕留存。
對注銷登記企業的存貨如何進行稅收處理，各地的處置辦法不盡相同，目前主要有三種觀點：一是作進項稅額轉出，調整應納稅額；二是視同銷售，就整個存貨留抵稅額補稅；三是分別情況作出處理。對于這三種方法的運用主要看企業注銷的原因：
一、 一般納稅人在企業注銷時的存貨處理方法
一般納稅人企業申請注銷稅務登記時，如果企業銷項稅金大于進項稅金，并且按注銷企業的有關政策規定交納增值稅后，企業還有存貨余額的，其存貨余額部分應按存貨的適用稅率計算補交已抵扣的稅款，因為存貨在當初購進時其進項稅金已作了抵扣，減少了當期應交稅費，既然現存貨已經退出了企業的經營活動，所以要對先期已抵扣的進項稅進行調整。這不僅符合增值稅的立法原則，而且也能避免稅收流失，同時也可防止企業利用高存貨增大抵扣稅金偷逃稅款。
企業依法注銷同時取消增值稅一般納稅人資格，說明企業將不再存續，此時清算應注意，企業對所有的資產包括存貨是如何處理的，如果分配給股東或投資者，則應視同銷售；如果無償贈送他人，則應視同銷售；如果已沒有使用價值而廢棄或盤虧，應作非正常損失，作進項稅額轉出，補繳稅金。
二、小規模納稅人在企業注銷時的存貨處理方法
由于小規模納稅人企業在政策上的特殊性，因此小規模納稅人企業購進貨物無論是否取得增值稅專用發票，其支付的增值稅額均不得進入進項稅額，不得由銷項稅額抵扣，而應計入購貨成本。因此，經核實其存貨屬正常范圍的（即平時稅負正常，存貨帳實相符，無虛假），不應作進項稅轉出或計提銷項稅等征稅處理。小規模納稅人企業注銷時，其存貨不作納稅調整。
三、一般納稅人劃轉為小規模納稅人時的存貨處理方法
按稅收政策規定，年應征增值稅銷售額在180萬元以下的從事貨物批發或零售的一般納稅人以及年應征增值稅銷售額在100萬元以下的從事貨物生產或提供應稅勞務的一般納稅人應劃轉為小規模納稅人企業進行管理。取消一般納稅人資格轉為小規模納稅人其存貨性質未發生變化，作進項稅額轉出是沒有法律依據的，如果在劃轉時，企業銷項稅大于進項稅，且企業有存貨余額的，應先按存貨購進原價進行價稅分離，分離出的增值稅額應計入原一般納稅人的銷項稅金中去，再按原存貨的購進價稅合計金額計入劃轉后的小規模納稅人企業存貨賬簿中。
四、小規模納稅人轉為一般納稅人時的存貨處理方法
按稅收政策規定，年應征增值稅銷售額在達到180萬元以上的從事貨物批發或零售的小規模納稅人和年應征增值稅銷售額在達到100萬元以上的從事貨物生產或提供應稅勞務的小規模納稅人，應劃轉為一般納稅人企業進行管理。在劃轉時，如果小規模納稅人有存貨余額的，由于小規模納稅人不具有增值稅專用發票的使用權，而劃轉后的一般納稅人購進貨物的進項稅可以抵扣，因此原小規模納稅人可依存貨購進價稅合計金額到稅務機關服務窗口開具增值稅專用發票，并按政策規定完稅，新劃轉的一般納稅人企業可將取得的稅務機關開立的增值稅專用發票上注明的增值稅款進行抵扣。
五、企業注銷后再銷售存貨的處理方法
一般納稅人企業和小規模納稅人企業注銷稅務登記后，企業已不能再進行經營活動了，如果企業存貨沒有處理完畢，過一段時間后還有存貨需要銷售時，應持購貨單位的結算證明和雙方的購銷協議，到稅務機關開立普通發票，并按稅收政策規定按征收率交納稅款。