企業年金基金準則規定，企業年金基金在投資運營中，根據國家規定的投資范圍取得的國債、信用等級在投資級以上的金融債等具有良好流動性的金融產品，其初始取得和后續估值應當以公允價值計量。企業年金基金投資公允價值的確定，適用《企業會計準則第22號——金融工具確認和計量》。
企業年金基金投資運營的會計核算一般需要設置“交易性金融資產”、“公允價值變動收益”、“證券清算款”、“結算備付金”、“交易保證金”、“投資收益”、“交易費用”、“應收利息”、“應收股利”、“應收紅利”、“本期收益”等科目。
(一)初始取得投資時的賬務處理
企業年金基金初始取得投資的交易日，以支付的價款(不含支付的價款中所包含的、已到付息期但尚未領取的利息或已宣告但尚未發放的現金股利、基金紅利)計入投資的成本，借記“交易性金融資產——成本”，按發生的交易費用及相關稅費直接計入當期損益，借記“交易費用”科目，按支付的價款中所包含的、已到付息期但尚未領取的利息或已宣告但尚未發放的現金股利、紅利，借記“應收利息”、“應收股利”或“應收紅利”科目，貸記“證券清算款”、“銀行存款”等科目。
資金交收日，按實際清算的金額，借記“證券清算款”科目，貨記“結算備付金”、“銀行存款”等科目。
【例1】20×8年9月1日，某企業年金基金通過證券交易所購入分期付息，一次還本國債500手，每手債券面值為1000元，成交金額600000元(含已到付息期但尚未領取的利息40000元)，另發生手續費、傭金等相關稅費2000元。票面年利率3.56％。
該企業年金基金賬務處理如下：
(1)交易日(T日，即9月1日)與證券登記結算機構清算應付證券款時
借：交易性金融資產——成本(債券) 560000
應收利息 40000
交易費用 2000
貸：證券清算款 602000
(2)資金交收日(T＋1，即9月2日)與證券登記結算機構交收資金時
借：證券清算款 602000
貸：結算備付金 602000
【例2】20×8年4月1日，某企業年金基金通過證券交易所以10.3元的價格購公司10萬股(其中每股含已經宣告但尚未發放的現金股利0.3元)，成交金額103萬元，另發生券商傭金、印花稅等2萬元。
該企業年金基金賬務處理如下：
(1)交易日(T日，即4月1日)與證券登記結算機構清算應付證券款時：
借：交易性金融資產——成本(A股票) 1000000
應收股利——A股票 30000
交易費用 20000
貨：證券清算款 1050000
(2)資金交收(T＋1日，即4月2日)與證券登記結算機構交收資金時：
借：證券清算款 1050000
貸：結算備付金 1050000
(二)投資持有期間及估值日的賬務處理
1．投資持有期間的賬務處理
企業年金基金投資持有期間，被投資單位宣告發放的現金股利，或資產負債表日按債券票面利率計算的利息收入，應確認為投資收益，借記“應收股利”、“應收利息”或“應收紅利”科目，貸記“投資收益”科目。期末，將“投資收益”科目余額轉入“本期收益”科目。
【例3】沿用【例1】，該企業年金基金持有國債期間，按債券票面價值和票面利率計提債券利息。假設一年按365計算，每日計提利息，票面年利率3.56％。
該企業年金基金賬務處理如下：
每日應計利息＝500000×3.56％÷365＝48.77(元)
每日計提利息時
借：應收利息 48.77
貸：投資收益 48.77
債券除息日(T日)，借記“證券清算款”、貸記“應收利息”。資金交收日(T＋1日)，借記“結算備付金”、貸記“證券清算款”。
【例4】沿用【例2】，20×8年4月5日，企業年金基金收到購買A股票時已宣告的現金股利，該上市公司發放A股票的現金股利每股0.3元，合計3萬元。
該企業年金基金賬務處理如下：
借：結算備付金 30000
貸：應收股利 30000
2．估值日的賬務處理
根據企業年金基金準則的規定，企業年金基金的投資應當按日估值，或至少按周進行估值。也就是說，每個工作日結束時，或者每周四或周五工作日結束時為估值日。
估值日對投資進行估值時，應當以估值日的公允價值計量。公允價值與上一估值日公允價值的差額，計入當期損益，并以此調整原賬面價值。借記或貸記“交易性金融資產(公允價值變動)”，貸記或借記“公允價值變動損益”。
【例5】沿用【例4】，20×8年4月12日，企業年金基金持有的A股票證券交易所收盤價為每股11元。在估值日和資產負債表日，企業年金基金持有的上市流通的債券、基金、股票等交易性金融資產，以其估值日在證券交易所掛牌的市價(平均價或收盤價)估值；估值日無交易的以最近交易日的市價估值。
估值日公允價值與上一估值日公允價值的差額＝(1l—l0)×l0萬股＝l00000(元)
該企業年金基金賬務處理如下：
借：交易性金融資產——公允價值變動(A股票) 100000
貸：公允價值變動損益 100000
(三)投資處置的賬務處理
處置企業年金基金的投資時，應在交易日按照賣出投資所取得的價款與其賬面價值(買入價)的差額，確定為投資損益。
出售股票時，按應收金額，借記“證券清算款”科目，按買入時原賬面價值(初始買價)，貸記“交易性金融資產——成本”科目，按出售股票成交價總額與原賬面價值(初始買價)的差額，作為投資處置收益金額，貸記或借記“投資收益”科目。同時，將原計入該投資的公允價值變動轉出，借記或貸記“公允價值變動損益”科目，貸記或借記“投資收益”科目。
因債券、基金、股票的交易比較頻繁，出售債券、基金、股票等證券時，其投資成本應一并結轉。出售證券成本的計算方法可采用加權平均法、移動加權平均法、先進先出法等，成本計算方法一經確定，不得隨意變更。
【例6】沿用【例5】，20×8年5月30，該企業年金基金出售A股5萬股，每股市價13元，成交總額為65萬元，另發生券商傭金、印花稅等1800元。
本例中，成交總額扣減傭金、印花稅等為應收證券清算款，共計金額648200元(650000-1800)。
該企業年金基金賬務處理如下：
(1)交易日(T日，即5月30日)與證券登記結算機構清算應收證券款時：
借：證券清算款 648200
交易費用 1800
貸：交易性金融資產——成本(A股票) 500000
——公允價值變動(A股票) 50000
投資收益 100000
借：公允價值變動損益 50000
貸：投資收益 50000
(2)資金交收日(T＋1日，即5月31日)與證券登記結算機構交收資金時
借：結算備付金 648200
貸：證券清算款 648200