含義：只針對非上市股權轉讓
國稅函[2009]698號文明確規定，本通知所稱股權轉讓所得是指非居民企業轉讓中國居民企業的股權（不包括在公開的證券市場買入并賣出中國居民企業的股票）所取得的所得。這就意味著這個文件只適用于非居民企業轉讓非上市的中國居民企業股權。
值得注意的是，按照國家稅務總局頒布的《關于境外注冊中資控股企業依據實際管理機構標準認定為居民企業有關問題的通知》（國稅發[2009]82號）文件規定，部分在境外注冊的中資控股企業可以依據實際管理機構標準被認定為中國居民企業。如果非居民轉讓所持有的這些屬于中國居民企業的境外注冊中資控股企業的股權是否需要依據698號文處理可能尚存在一定爭議，筆者傾向于這樣的轉讓不宜適用698號文。
申報：7日內完稅
一般來說，如果非居民企業將股權轉讓給我國境內企業，境內企業需要依法履行源泉扣繳義務，但是限于稅收征管還不健全，部分扣繳義務人可能無法履行扣繳義務。
如果非居民企業將股權轉讓給境外企業，這屬于純粹的離岸交易，扣繳義務幾乎無從談起。因此，698號文明確要求，扣繳義務人未依法扣繳或者無法履行扣繳義務的，非居民企業應自合同、協議約定的股權轉讓之日（如果轉讓方提前取得股權轉讓收入的，應自實際取得股權轉讓收入之日）起7日內，到被轉讓股權的中國居民企業所在地負責該居民企業所得稅征管的主管稅務機關申報繳納企業所得稅，非居民企業未按期如實申報的，依照稅收征管法的有關規定處理。
股權轉讓所得：轉讓價減除股權成本價后的差額
股權轉讓所得是股權轉讓價和股權成本價之間的差額。股權轉讓價是指股權轉讓人就轉讓的股權所收取的包括現金、非貨幣性資產或者權益等形式的金額。如被投資企業有未能分配的利潤或稅后提存的各項基金等，股權轉讓人隨股權一并轉讓該股東留存收益權的金額，不得從股權轉讓價中扣除。股權成本價是指股權轉讓人投資入股時向中國居民企業實際交付的出資金額，或購買該項股權時向該股權的原轉讓人實際支付的股權轉讓金額。
這是在698號文出臺之前，納稅人和稅務機關之間在實際征管工作中存在爭議最大的地方。個別企業認為這樣會造成對留存收益的重復征稅。筆者認為，企業股權轉讓過程中，很難確認股權或轉讓時點被轉讓股權企業賬面留存收益的準確數額，而且單純依據會計標準確定留存收益并不科學，依據所得稅收入費用有關確認扣除標準對這些留存收益進行調整又不具備可操作性，因此對隨同股權一并作價轉讓的留存收益部分不給予免稅待遇是合適的。為了降低稅負，企業在實際進行股權轉讓時，可以考慮對有關留存收益先進行分配，在按照分配以后的股權作價轉讓，這樣可以合理降低一部分稅負。
案例：2006年7月1日，境外非居民企業福特斯環球公司在中國境內出資600萬元（以人民幣元為單位，下同）設立淮安福特斯百貨公司，福特斯環球公司擁有淮安福特斯百貨公司100%股權。2007年12月31日，淮安福特斯百貨公司未分配利潤100萬元。2008年12月31日，淮安福特斯百貨公司未分配利潤300萬元。2006年7月1日至2008年12月31日，淮安福特斯百貨公司一直未向股東福特斯環球公司分配利潤。2009年1月2日，福特斯環球公司將淮安福特斯百貨公司100%的股權以1200萬元轉讓價出售給境外非居民企業美亞世界公司,則非居民企業福特斯環球公司股權轉讓所得為股權轉讓價1200萬元-股權成本價600萬元=600萬元。
如果假設2009年1月31日，淮安福特斯百貨公司向美亞世界公司將2006年6月30日至2008年12月31日形成的未分配利潤進行分配，支付股利300萬元(假定法律許可對該部分利潤全部進行分配)，按照2008年2月22日發布的《財政部國家稅務總局關于企業所得稅若干優惠政策的通知》（財稅[2008]1號）的規定，2008年1月1日之前外商投資企業形成的累積未分配利潤，在2008年以后分配給外國投資者的，免征企業所得稅；2008年及以后年度外商投資企業新增利潤分配給外國投資者的，依法繳納企業所得稅。由于對外國投資者自外商投資企業取得的2008年以前形成的利潤分配予以免稅，美亞世界公司在計算應納稅所得時應允許其扣除與2007年度利潤對應的利潤分配100萬元，則其應納稅稅額為（300-100）×10%=20萬元。我們不難發現，對于2008年以前淮安福斯特百貨公司形成的利潤進行的分配并不會構成重復納稅，但是對于淮安福特斯百貨公司2008年形成的未分配利潤200萬元就在福特斯環球公司與美亞世界公司二者之間重復征收企業所得稅了，原因在于原來進行股權轉讓時，這部分利潤已經在股權轉讓作價中得到考慮，作為股權轉讓收入的一部分在計算股權轉讓所得時被包含其中了。
幣種確認：以首次投資為準
在計算股權轉讓所得時，以非居民企業向被轉讓股權的中國居民企業投資時或向原投資方購買該股權時的幣種計算股權轉讓價和股權轉讓成本價。這個規定意味著并不能完全根據轉讓時的幣種確認轉讓收入，如果轉讓時的交易幣種與轉讓方獲得初始股權投資時的幣種不一致，必須進行換算。
更為復雜的是，如果同一非居民企業存在多次投資的，以首次投入資本時的幣種計算股權轉讓價和股權成本價，以加權平均法計算股權成本價；多次投資時幣種不一致的，則應按照每次投入資本當日的匯率換算成首次投資時的幣種。這意味著納稅人要想準確計算股權轉讓所得，還可能要查詢歷史匯率，工作量可能會有所增加。
間接轉讓：需要按照規定報備資料
有的外國投資者為了規避轉讓境內股權產生的預提所得稅，一般都會先在海外設立英屬維爾京群島（下稱“BVI”）等形式的公司，由BVI公司單純持有所投資的我國外商投資企業的外資股權。如果外方投資者要轉讓所持有的我國企業的股權，直接出讓BVI公司的股權即可。這樣我國居民企業的外方股東雖然實際擁有人發生了變更，但名義擁有人并不變，因此外資股權轉讓行為，就現行稅法有關條款來看，不會產生繳納中國股權轉讓所得稅的義務。
但是考慮到反避稅的特殊需要，我國稅務機關仍然有必要掌握這些方面的股權轉讓信息，698號文規定，境外投資方（實際控制方）間接轉讓中國居民企業股權，如果被轉讓的境外控股公司所在國（地區）實際稅負低于12.5%或者對其居民境外所得不征所得稅的，應自股權轉讓合同簽訂之日起30日內，向被轉讓股權的中國居民企業所在地主管稅務機關提供以下資料：股權轉讓合同或協議；境外投資方與其所轉讓的境外控股公司在資金、經營、購銷等方面的關系；境外投資方所轉讓的境外控股公司的生產、經營、人員、賬務、財產等情況；境外投資方所轉讓的境外控股公司與中國居民企業在資金、經營、購銷等方面的關系；境外投資方設立被轉讓的境外控股公司具有合理商業目的的說明；稅務機關要求的其他相關資料。
避稅安排：直接在稅收上否定境外公司的存在
由于間接轉讓中國居民企業股權可能存在不合理的避稅安排，698號文件明確要求，境外投資方（實際控制方）通過濫用組織形式等安排間接轉讓中國居民企業股權，且不具有合理的商業目的，規避企業所得稅納稅義務的，主管稅務機關層報稅務總局審核后可以按照經濟實質對該股權轉讓交易重新定性，否定被用作稅收安排的境外控股公司的存在。
698號文件還規定，非居民企業向其關聯方轉讓中國居民企業股權，其轉讓價格不符合獨立交易原則而減少應納稅所得額的，稅務機關有權按照合理方法進行調整。
整體轉讓：要準確劃分境內分部的轉讓價格
698號文件規定，境外投資方（實際控制方）同時轉讓境內或境外多個控股公司股權的,被轉讓股權的中國居民企業應將整體轉讓合同和涉及本企業的分部合同提供給主管稅務機關，如果沒有分部合同的，被轉讓股權的中國居民企業應向主管稅務機關提供被整體轉讓的各個控股公司的詳細材料，準確劃分境內被轉讓企業的轉讓價格。如果不能準確劃分的，主管稅務機關有權選擇合理的方法對轉讓價格進行調整。
特殊性稅務處理：需要備案證明
698號文件要求，非居民企業取得股權轉讓所得，符合財稅[2009]59號文件規定的特殊性重組條件并選擇適用特殊性稅務處理的，應向主管稅務機關提交書面備案資料，證明其符合特殊性重組規定的條件，并經省級稅務機關批準。
追溯調整：自2008年1月1日生效
698號文件規定，本通知自2008年1月1日起生效。這意味著雖然這個文件在2009年12月10日成文，12月15日才由國家稅務總局印發，但是其生效期卻幾乎向前追溯了兩年，這就意味著發生在2008年以后所得的符合本通知規定的非居民股權轉讓所得都要按照該文件課稅。不過企業并不需要擔心，實際工作中稅務機關對非居民股權轉讓所得采取的計稅方法和698號文件的規定是完全一致的，并不會增加非居民企業的實際稅款負擔。