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自然人股東直接進行股權轉讓需要繳納個人所得稅、印花稅；根據國家稅務總局關于發布《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法（試行）》的公告 國家稅務總局公告2014年第67號 繳納個人所得稅第四條 個人轉讓股權，以股權轉讓收入減除股權原值和合理費用后的余額為應納稅所得額，按"財產轉讓所得"繳納個人所得稅。 　　合理費用是指股權轉讓時按照規定支付的有關稅費。 　　第七條 股權轉讓收入是指轉讓方因股權轉讓而獲得的現金、實物、有價證券和其他形式的經濟利益。 　　第八條 轉讓方取得與股權轉讓相關的各種款項，包括違約金、補償金以及其他名目的款項、資產、權益等，均應當并入股權轉讓收入。 　　第十五條　個人轉讓股權的原值依照以下方法確認：（一）以現金出資方式取得的股權，按照實際支付的價款與取得股權直接相關的合理稅費之和確認股權原值；（二）以非貨幣性資產出資方式取得的股權，按照稅務機關認可或核定的投資入股時非貨幣性資產價格與取得股權直接相關的合理稅費之和確認股權原值；（三）通過無償讓渡方式取得股權，具備本辦法第十三條第二項所列情形的，按取得股權發生的合理稅費與原持有人的股權原值之和確認股權原值；（四）被投資企業以資本公積、盈余公積、未分配利潤轉增股本，個人股東已依法繳納個人所得稅的，以轉增額和相關稅費之和確認其新轉增股本的股權原值；（五）除以上情形外，由主管稅務機關按照避免重復征收個人所得稅的原則合理確認股權原值。 　　根據根據《印花稅暫行條例》及施行細則的規定，產權轉移書據，是指單位和個人產權的買賣、繼承、贈與、交換、分割等所立的書據。《國家稅務局關于印花稅若干具體問題的解釋和規定的通知》（國稅發〔1991〕155號）規定，財產所有權轉移書據的征稅范圍是：經政府管理機關登記注冊的動產，不動產的所有權轉移所立的書據，以及企業股權轉讓所立的書據。適用稅率按所載金額萬分之五貼花。 　　同時根據《中華人民共和國印花稅暫行條例》第八條：同一憑證，由兩方或者兩方以上當事人簽訂并各執一份的，應當由各方就所執的一份各自全額貼花。 　　《印花稅暫行條例施行細則》第十六條規定，產權轉移書據由立據人貼花，如未貼或者少貼印花，書據的持有人應負責補貼印花所立書據以合同方式簽訂的，應由持有書據的各方分別按全額貼花。