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親愛的學員，您好！很高興能為您提供幫助，您的問題答復如下：

一、小規(guī)模納稅人征收率的基本規(guī)則與階段性優(yōu)惠基本規(guī)則：增值稅小規(guī)模納稅人銷售貨物等應(yīng)稅行為，適用的征收率通常為3%。比如甲公司作為小規(guī)模納稅人，正常情況下銷售貨物按3%計算繳納增值稅。階段性減免政策：在特定時期（像2023-2027年期間有階段性優(yōu)惠延續(xù)趨勢，具體以實際政策為準），為支持小微企業(yè)等發(fā)展，對小規(guī)模納稅人適用3%征收率的應(yīng)稅銷售收入，減按1%征收率征收增值稅。題目中業(yè)務(wù)發(fā)生在2025年1-3月，大概率可適用該3%減按1%的優(yōu)惠政策。 

二、B公司業(yè)務(wù)中按1%計稅的邏輯甲公司是按季度申報的增值稅小規(guī)模納稅人，銷售貨物給B公司時，符合3%征收率應(yīng)稅行為條件。基于上述階段性優(yōu)惠政策，可減按1%征收率計算繳納增值稅。所以，在確定計稅依據(jù)和開票時，適用1%的征收率，并非直接按3%，這是政策給予小規(guī)模納稅人的減免優(yōu)惠。 

三、放棄免稅（此處是放棄1%減征，回歸3%計稅邏輯，雖題目沒明確說放棄免稅，但涉及專票開具與征收率選擇）與3%稅率的關(guān)系放棄優(yōu)惠的情形：如果甲公司因B公司要求開具增值稅專用發(fā)票（專票開具后，購買方B公司可按票面稅額抵扣，而小規(guī)模納稅人若享受1%減征，開具專票時需注意政策規(guī)定），且選擇放棄1%減按優(yōu)惠，那么可以按3%征收率計算繳納增值稅并開具3%征收率的專票。但實務(wù)中，小規(guī)模納稅人適用1%是“減按征收”，并非“免稅”，若要開具3%專票，需按規(guī)定放棄該筆業(yè)務(wù)的1%減征優(yōu)惠，按3%計稅繳稅。題目未明確放棄優(yōu)惠時的處理：題目沒說甲公司放棄1%減征優(yōu)惠，在可適用1%減按政策的情況下，正常是按1%征收率開票計稅；若B公司要求開專票，甲公司可選擇按3%征收率開票（需放棄1%優(yōu)惠，按3%繳稅），也可在符合政策條件下，開具1%征收率的專票（部分地區(qū)政策允許，具體看當?shù)貓?zhí)行，且購買方B公司取得1%專票，按票面稅額抵扣）。簡單說，正常有1%階段性優(yōu)惠時，甲公司可按1%計稅開票；若B公司要專票且甲公司選擇放棄1%優(yōu)惠，才按3%，題目里提的1%是基于階段性減征政策，和3%是“基本征收率+階段性優(yōu)惠”的關(guān)系，需結(jié)合政策適用場景判斷，你疑惑的點核心是沒關(guān)聯(lián)上小規(guī)模納稅人階段性3%減按1%的優(yōu)惠政策，梳理后就能清晰區(qū)分啦。（注：因政策時效性強，具體以業(yè)務(wù)發(fā)生時最新稅收政策為準，這里是結(jié)合常規(guī)階段性優(yōu)惠邏輯分析）

祝您學習愉快！