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親愛的學員，您好！很高興能為您提供幫助，您的問題答復如下：
甲企業業務11中將辦公樓出租，在辦公樓所在地預繳增值稅時適用3%的稅率，而不是5%，是因為根據增值稅的相關規定，一般納稅人出租不動產在不動產所在地預繳增值稅時，適用的預繳稅率為3%。這是為了平衡稅收在不動產所在地和企業機構所在地之間的分配，避免稅收全部留在不動產所在地。

具體來說，一般納稅人出租不動產，雖然在申報時可能適用9%的稅率，但在預繳環節，為了簡化操作并合理分配稅收，規定預繳稅率為3%。這樣可以確保稅收在不同地區的合理分配，同時減輕企業預繳時的計算負擔。
祝您學習愉快！