企業繳納殘疾人就業保障金通過“管理費用——殘疾人就業保障金”核算，根據《關于企業補貼收入征稅等問題的通知》（財稅[1995]81號）規定，納稅人根據各省、自治區、直轄市人民政府統一規定繳納的殘疾人就業保障金，可在企業所得稅稅前扣除。
一、企業應在“其他應交款”科目下設置“應交殘疾人就業保障金”明細科目（外商投資企業在“其他應付款”科目下設置“應付殘疾人就業保障余”明細科目），核算企業按規定應繳納的殘疾人就業保障金。
二、企業按規定計算出應繳納的殘疾人就業保障金，借記“管理費用──殘疾人就業保障金”科目，貸記“其他應交款──應交殘疾人就業保障金”科目或“其他應付款──應付殘疾人就業保障金”科目；實際上交時，借記“其他應交款──應交殘疾人就業保障金”或“其他應付款──應付殘疾人就業保障金”科目，貸記“銀行存款”科目。
企業超比例安置殘病人就業或者為安排殘疾人就業做出顯著成績，按規定收到的獎勵，借記“銀行存款”等科目，貸記“管理費用──殘疾人就業保障金”科目。
三、企業逾期未繳納殘疾人就業保障金，按規定繳納的滯納金，借記“營業外支出”科目、貸記“銀行存款”科目。
1、照上海市有關規定，如果公司沒有錄用殘疾人的，必須繳納工資總額的1.6%作為殘疾人保障金。
2、上海市有關規定，必須相當于員工總數1.6%的殘疾人就業。即錄用一個殘疾人的支出可以抵掉62.5個健康人的工資總額的殘疾人保障金。（1÷1.6%=62.5）
3、06年度上海市殘疾人最低工資標準為300元/月（05年是230元/月）如果公司員工平均工資是1500元/人，則如果繳納殘疾人保證金：
1500元×62.5人×12月×1.6％＝18000元上述支出即作為不錄用殘疾人必須繳納的殘疾人保證金。
如果公司錄用一個外地的殘疾人（只要提供殘疾人證及身份證即可），則：
（300元＋187.5元綜保）×12月＝5850元18000－5850＝12150元，即如果錄用一個外地殘疾人，每年可以節省12150元。
4、相應可以計算出錄用本地殘疾人交鎮保、城保的支出及節約的成本。
注意，殘疾人就業保障金各地的比例不同，按比例計算不足一人的部分按實際比例數繳交。
繳納保障金計算公式如下：
應繳保障金數額=（本單位2005年度12月份在職職工總數×征收比例-在崗殘疾人數）×本市上年職工年人均工資（2005年度）。
在崗殘疾職工是指與用人單位簽訂一年以上勞動合同，且辦理社會保險的本市戶籍殘疾人（安排一名盲人或一級肢體殘疾人就業的按安排兩名殘疾人計算）。