國家針對福利企業和殘疾人這一特殊群體，制定了一系列減免退等稅收優惠政策，實踐證明，此舉對保障殘疾職工的就業和生活起到了積極作用。但隨著經濟的不斷發展，福利企業改革的不斷深化，審計情況也表明，在稅收優惠政策的執行與落實、福利企業管理等方面存在的問題已十分突出，最終反映出現行福利企業稅收優惠政策存在著嚴重缺陷和滯后，亟需完善和改進。
福利企業稅收優惠政策執行中存在的問題
1.稅收優惠政策受益面過窄。審計調查反映，至2004年底某地持有殘疾證的殘疾人149163名，而全市568家社會福利企業集中安置的殘疾人19266人，集中安置數僅占殘疾人總數的12.92%，近87%的殘疾人通過政府或社會進行救濟。
2.稅收優惠政策未能體現多安置多優惠的原則。現行稅收政策規定，安置“四殘”人員超過生產人員總數的35%和50%，可分別享受所得稅和增值稅退稅。以安置比例為標準來界定所得稅和增值稅退稅與否，不盡公平合理，會產生安置“四殘”人員多反而不能享受稅收優惠的矛盾現象。
3.稅收優惠政策成本過高，殘疾人得到的實惠較少。2004年該市568家社會福利企業共享受增值稅、所得稅優惠115623.88萬元，其中，殘疾人職工工資性收入為18561.96萬元，人均年收入0.96萬元，用于殘疾人職工支出數僅占所退稅款的16.05%，另外超過80%的退稅額被私營企業主占有。
4.稅收優惠政策難于執行到位。審計情況反映，一是部分區、縣（市）稅務部門未按規定即征即退，視稅收任務完成情況辦理退稅，存在不及時，甚至截留的情況。二是減免稅額集中提留使用與現行國家政策不符。如部分區、縣（市）福利企業按減免稅總額的15至25%上交所在政府部門。
5.稅收優惠政策的退稅程序不正常，存在中介機構強制代理的現象，且收費超標。某稅務師事務所有限公司代理審核某醫光器械總廠2003年223.32萬元增值稅退稅業務時，收取審核費21萬元，超出該省物價局《關于稅務師事務所服務收費問題的通知》、《關于規范稅務代理服務收費標準的通知》中規定標準的11倍，類似情況在其他地方不同程度的存在。
6.福利企業發展不平衡，存在較大異差。審計情況表明，經濟發達地區的福利企業發展越來越快，規模越來越大，而最需要扶持的落后地區福利企業卻步履艱難。
改善和完善福利企業稅收優惠政策的幾點建議
一、及時調整和完善現行福利企業稅收優惠政策，充分發揮減免稅金的杠桿和引導作用，保障殘疾人合法權益。
1.放寬對投資主體的限制。事實證明，社會福利企業要真正發展，不能靠政府直接去辦，通過改制、走向市場是關鍵，引入社會資本是必然之路。
2.改變當前單一以安置殘疾人是否達到規定比例作為減免稅依據的辦法。可采取安置一個殘疾人所需的費用，由國家在稅收中返還并給予適當補貼的辦法，或以人均一定的減免稅為基礎，超額累進遞減的辦法。
3.建立殘疾人保障基金。在嚴禁地方各級政府和部門截留、挪用減免稅金的情況下，可集中提留一部分減免稅金，專戶儲存，專項用于扶持社會福利企業、支持社會福利事業及殘疾人保障。
二、加強部門間信息溝通和協調。在實際工作中，殘疾人殘情鑒定由醫院和醫生負責，殘疾人證書由殘聯頒發，殘疾人上崗證和福利企業證書由民政部門認定和發放。因此，福利企業稅收優惠政策執行涉及民政、殘聯、衛生和稅務多個部門，各部門相互之間只有協調聯動、分工負責、互通情況、信息共享、密切配合，才能杜絕當前社會福利企業弄虛作假、騙取稅款的行為。當務之急，應加強對殘疾人鑒定的管理，尤其要對醫院和醫生的資質、相應職責作出明確規定，從源頭上加以控制。
三、加大對福利企業的監管力度。一是嚴格福利企業的審批，嚴格掌握新辦、轉辦社會福利企業條件。還應進一步規范年檢年審工作，認真清理整頓假冒福利企業，依法打擊弄虛作假、騙取稅收優惠的不法行為。二是堅持日常管理與重點抽查相結合，對符合標準的企業，應及時辦理退稅手續，對屢查屢犯違法騙取稅收優惠的企業應堅決予以清理。三是加強對企業的稅法宣傳和納稅輔導，提高社會福利企業的守法納稅意識。
