根據我國稅法規定，單位對職工收入需按月代扣代繳個人所得稅。如何正確處理事業單位個人所得稅納稅工作，既使職工獲得較多的實際利益，又提高工作效率，值得每位財務工作者重視。
一、合理確定津貼、補貼、獎金發放次數，減輕職工稅負
各事業單位的工資都是按月發放，而津貼、補貼、獎金的發放次數各異。實際上，集中發放和分次發放津貼、補貼、獎金，職工稅費負擔相差很大。例如：某事業單位職工2003年全年除每月工資1 000元外，還發津貼、補貼、獎金等24 000元，由于發放次數不同，其繳納的個人所得稅也不一樣（假設當地稅務部門確定的費用綜合扣除額為1 000元）：①分12個月平均發放，每月計稅所得額：1 000＋24 000÷12＝3 000（元），全年應納個人所得稅：［（3 000－1 000）×10％－25］×12＝2 100（元）；②分四個季度發放，每次6 000元，每季度末計稅所得額：1 000＋6 000＝7 000（元），全年應納個人所得稅：［（7 000－1 000）×20％－375］×4＝3 300（元）；③半年發放一次，每次12 000元，每半年末計稅所得額：1 000＋12 000＝13 000（元），全年應納個人所得稅：［（13 000－1 000）×20％－375］×2＝4 050（元）；④年終一次發給職工24 000元，年終計稅所得額：1 000＋24 000＝25 000（元），全年應納個人所得稅：（25 000－1 000）×25％－1 375＝4 625（元）。由此可知，津貼、補貼、獎金發放次數越多，職工個人負擔的個人所得稅越少。
二、認真區分各項應稅勞務，準確計算勞務報酬所得稅
現階段，有相當多的事業單位成立了技協經濟實體，職工在不影響本職工作的前提下，利用剩余時間在技協從事勞務活動，既能增加個人收入，又能發揮自己的所長為社會服務，還能增加國家的稅收，是一個三贏的舉措。根據稅法的規定，將職工多種勞務不加區分計稅和分開計稅，稅費負擔是不一樣的。例如：某單位技協安排職工甲為外單位職工進行技術培訓，職工甲同時從事教材編寫和授課勞務，當月共得勞務收入2 000元（其中編書收入1 100元，授課收入900元），如合并納稅，該技協應扣稅額：（2 000－800）×20％＝240（元）。如分成兩項業務代扣稅額，應扣繳稅額：（1 100－800）×20％＋（900－800）×20％＝80（元）。
三、科學填報《扣繳個人所得稅報告表》，提高工作效率
每月月初，事業單位財務人員都要填報《扣繳個人所得稅報告表》，各單位的工資和稅額計算一般以元為單位，精確到小數點后第二位。這樣，即使利用計算機自動求和功能，收入額與所得稅額也鮮有匹配的情況出現。如何能一次性取得與應扣繳所得稅額相對應的收入額（應付工資總額）呢？我們可以用以下公式求得：設某一等級稅率下的收入額為X，則有（X－費用額）×稅率－速算扣除數＝扣繳所得稅額。這一公式在獨立核算的中小型事業單位具有廣泛的用途。
我國目前絕大多數事業單位從業人員工資水平在1 000 ～ 4 000元之間，相應的個人所得稅稅率處于5％、10％、15％三個檔次。現舉例說明如何用以上公式快速填報《扣繳個人所得稅報告表》：設某事業單位共有100個職工，其中稅率為5％的有5個，稅率為10％的有15個，稅率為15％的有80個。據此，可以先用計算器計算出稅率為5％、10％兩檔的所得稅額，然后將所得稅總額減去以上兩個檔次稅額之和，得出15％稅率檔次的稅額。由于費用額（80×費用扣除標準）、速算扣除數（80×125）都是已知數，可用公式快速求得15％稅率檔次的工資額。當然，每一個事業單位的具體情況不同，但總有一個稅率檔次的職工數量多，可以如法炮制。對《扣繳個人所得稅報告表》的審核者來說，用這一公式去檢驗，快捷又準確。
