在股權投資處置時，如果不是通過非貨幣性交易、債務重組等方式處置的，則會計上和稅法上確定的處置收入通常是一致的，此時的納稅調整主要是由會計和稅法上確定的投資賬面價值和計稅成本的差異引起的，通常包括以下各項：
1.按權益法的會計處理原則確認的在被投資單位凈損益和凈資產變動額中所占的份額；
2.以非貨幣性資產對外投資時，投出資產的賬面價值與其公允價值的差異；
3.因股票股利的會計處理和稅務處理不同引起的差異；
4.股權投資差額的攤銷差異。
上述各項累積的時間性差異，在投資處置或者收回時均應轉回，也就是需進行與當初發生時相反的納稅調整。
國稅發[2000]118號文件與現行會計規范的對照“問題解答三”對與長期股權投資相關的納稅調整事項的規定并不全面，僅僅涉及了其中的一部分內容。下面將《關于企業股權投資業務若干所得稅問題的通知》（國稅發[2000]118號）第一至第三條的內容與現行會計規范進行逐條對照，說明一些在“問題解答三”中未提及的常見差異的納稅調整方法。
既然會計準則和稅法對投資收益的確認采取了不同的標準，那么長期股權投資的賬面價值和稅法上確認的計稅成本也就會不一致。例如：在會計上按權益法確認投資收益時，會導致投資賬面價值發生變動，但是由于稅法不承認權益法，也就不會變更其計稅成本；收到股票股利或以公積金轉增的資本時，會計上不改變投資的賬面價值，但稅務上需計入應納稅所得額，相應增加投資的計稅成本。因此，在投資出售變現時，稅法上的轉讓所得不同于會計上的處置損益。在稅法上計算轉讓所得時，只需將出售所得款項減去該投資的初始投資成本即可（如果被投資單位分派過股票股利或者以公積金轉增資本，則還應減去已繳納過所得稅的股票股利）。
