按照《國家稅務總局關于印發〈增值稅日常稽查辦法〉的通知》（國稅發[1998]44號）規定，增值稅檢查調賬方法如下：
增值稅檢查后的賬務調整，應設立“應交稅金——增值稅檢查調整”專門賬戶。凡檢查后應調減賬面進項稅額或調增銷項稅額和進項稅額轉出的數額，借記有關科目，貸記本科目；凡檢查后應調增賬面進項稅額或調減銷項稅額和進項稅額轉出的數額，借記本科目，貸記有關科目；全部調賬事項入賬后，應結出本賬戶的余額，并對該余額進行處理：
若余額在借方，全部視同留抵進項稅額，按借方余額數，借記“應交稅金——應交增值稅（進項稅額）”科目，貸記本科目。
若余額在貸方，且“應交稅金——應交增值稅”賬戶無余額，按貸方余額數，借記本科目，貸記“應交稅金——未交增值稅”科目。
若本賬戶余額在貸方，“應交稅金——應交增值稅”賬戶有借方余額且等于或大于這個貸方余額，按貸方余額數，借記本科目，貸記“應交稅金——應交增值稅”科目。
若本賬戶余額在貸方，“應交稅金——應交增值稅”賬戶有借方余額但小于這個貸方余額，應將這兩個賬戶的余額沖出，其差額貸記“應交稅金——未交增值稅”科目。