企業所得稅減免稅的會計處理，無論在理論界還是在會計實務操作中，都有不同的見解。（本文所稱減免稅，特指在稅率、稅基確定情況之下的稅款減免，主要包括日常稅收征管中的征前減免和各種退稅，不包括稅基優惠、稅率優惠以及抵繳稅款的會計處理。）
一、常用原則與方法
原則
目前，在理論界和實務界，一般將企業所得稅科目作為費用科目對待，按照權責發生制原則進行確認和處理。
企業所得稅減免稅，由于不是在企業生產經營過程之中發生的，而且受到行政行為影響，處于企業（納稅人）可控范圍之外，與企業一般經營行為性質不同，所以按照收付實現制原則核算。
方法
當前，關于企業所得稅退稅的會計處理，有兩種不同觀點。第一種觀點認為實際收到的退稅是企業當期所得稅費用的減項因素，應沖減當期的所得稅費用科目；第二種認為實際收到的退稅并不是企業實際經營收益，而屬于獲得的純利潤，應當直接進入資本公積、盈余公積等科目。兩者的共同點都在于堅持收付實現制，不同點在于收到退稅款的性質認定。
這兩種觀點或失之于偏頗，或缺少基本的理論支持。
因為，盈余公積是企業稅后利潤分配過程中產生的，資本公積則有其特定的會計處理規定，將企業所得稅退稅所得跳過稅后利潤認定環節，直接進入利潤分配環節，或者進入資本公積，顯然不符合規定。
第一，企業所得稅退稅所得不能認定為稅后利潤，不能按照稅后利潤分配的辦法處理。稅后利潤的認定有其嚴格的程序。退稅所得不是企業直接生產經營結果，而是企業前期或者當期生產經營結果的延續反映，并且一旦獲得退稅就處于企業的實際控制之中，與稅后利潤有著本質區別。至于企業當期經營是否盈利，應當將企業生產經營狀況與企業所得稅退稅結合起來衡量。
第二，企業所得稅退稅所得也不能全部認定為企業當期的所得稅費用的減項因素。從企業所得稅減免稅政策制訂角度和實際操作流程看，企業所得稅減免稅類型較多，程序各異。受到稅收征管規程的制約，不同目的的減免稅，實際操作流程不同，企業所得稅退稅款最終用途也不完全相同，企業實際獲得的經濟利益也不完全相同，具體會計處理不可能完全一致。
二、會計處理因情況而定
征前減免
征前減免就是在企業所得稅征收入庫之前即給與減免，企業無需實際繳納稅款。在此情況下，企業仍然需要計算應納所得稅，待稅務機關審批之后再確認減免稅。
企業在計算應納所得稅時，借記“所得稅”，貸記“應交稅金-企業所得稅”；確認減免稅時，借記“應交稅金-企業所得稅”，貸記“所得稅”。
由于沖減了所得稅費用科目，在期末結轉賬務的時候，相應增加了企業期末賬面利潤（然后按照規定進行分配）或者減少了賬面虧損。
即征即退與先征后退
即征即退是指企業按照規定向稅務機關申報納稅，稅務機關按照規定為企業當場辦理退稅手續。先征后退是指企業按照規定申報繳納所得稅后稅務機關再按照規定程序為企業辦理減免。
企業在計算應納所得稅的時候，借記“所得稅”，貸記“應交稅金-企業所得稅”；繳納稅款時，借記“應交稅金-企業所得稅”，貸記“現金”或者“銀行存款”科目；確認減免稅收到退稅款時，借記“銀行存款”，貸記“所得稅”。
由于沖減了所得稅費用科目，在期末結轉賬務的時候，相應增加了企業期末賬面利潤（然后按照規定進行分配）或者減少了賬面虧損，對企業稅后利潤產生了影響。
有指定用途的退稅
有些情況下，企業所得稅退稅款有其指定的用途，企業并不能全額獲得退稅款。其常見情形如下。
1、所得稅退稅款作為國家投資，形成專門的國家資本。收到退稅時，借記“銀行存款”科目，貸記“實收資本-國家資本金”科目。
2、所得稅退稅款作為國家對所有投資人的贈與，用于企業發展再生產。收到退稅時，借記“銀行存款”科目，貸記“資本公積——他資本公積”科目。
3、所得稅退稅款作為專項用于某個項目、設備、特定人群的資金。收到退稅時，借記“銀行存款”科目，貸記“其他應交款——××部門”、“其他應付款——××項目”科目。使用的時候，借記“其他應付款——××項目”科目，貸記“銀行存款”、“現金”科目。
上述1－3項退稅均沒有對企業稅后利潤產生影響。
4、所得稅退稅款部分用于企業的發展、部分按照規定上交有關部門。收到退稅時，借記“銀行存款”科目，按照金額分別貸記“資本公積——其他資本公積”、“其他應交款——××部門”。使用的時候，分別借記“其他應付款——××部門”科目，貸記“銀行存款”、“現金”科目。