注冊會計師在日常審計實務中，往往由于理解或認識上的問題，對函證和替代的實務操作及其相互之間的聯系和區別產生一些誤解，為此，本文對這方面存在的具有普遍性的八大誤區進行了分析。
一、替代審計程序僅在往來賬項的審計中運用
日常審計實務中，由于注冊會計師僅在對往來賬項的審計中運用替代審計的程序比較頻繁，其他審計程序運用替代審計的很少。從而使一些注冊會計師誤認為替代審計程序僅是對往來賬項審計的替代，即將替代審計程序狹義地理解為僅是對函證程序的替代，而不知在其他審計程序無法實現審計目標時也存在替代審計程序，對函證的替代審計程序僅是替代中的一個方面。
二、詢證函由被審計單位發送和回收
根據審計準則規定，注冊會計師應當直接控制詢證函的發送和回收。但是，相當多的注冊會計師或其他審計人員為了方便或為了省事，往往將詢證函的發送和回收交由被審計單位的會計人員辦理，這就可能使回函的可靠性受到嚴重影響。
三、對往來賬項的一般性抽證就是替代審計程序
一些注冊會計師對如何實施往來款項的替代審計程序不了解或不熟練，實施的替代審計程序不完整、不規范，在審計時，往往不能針對具體的往來款項實施專門的抽證測試，而是對每一類往來款項隨便抽證，如審計應收賬款時，僅是在各個應收賬款明細賬戶中隨便抽查幾筆會計分錄，或者即使是在同一賬戶中抽證，卻沒有章法，沒有目標，抽證量極少，屬于不具有針對性和系統性的“一般性抽證”，從而不能證明每一具體應收賬款戶的完整性、真實性和正確性。
另外，由于在許多情形下，到全部審計工作即將結束可能仍未收到回函，事實上，相當多的詢證函根本不會收到回函，這就對函證程序的正常和有效實施形成了障礙和影響。所以，在未能發函、已發函但未收到回函或回函不滿意的情況下，一些注冊會計師常常采取上述“一般性抽證”的方法來實施“替代”函證程序，表面看實施了替代審計程序，實際上僅是“一般性的抽證”，有的甚至就是簡單的抄錄會計憑證，根本沒有履行規范的抽證測試程序，這些都是違反執業規范的做法。
四、為節省函證時間采用消極式的詢證函
一些注冊會計師針對回函率低的特點，一律采用消極式的詢證函，只要被函證單位沒有回函，就確認被審計單位有關會計往來賬的數據。他們認為，這樣不但節省了函證時間，而且還“回避”了收不到回函的尷尬。事實上，由于信函（發函和回函）有時不一定能夠準確投寄，或被函證單位根本就沒有認真核對，或即使在賬面數據不相符的情況下被函證對方也可能不回函，所以，沒有回函不一定表示與對方的賬簿記錄核對一致。因此，這種一律采用消極式的函證方式，實際上是一些注冊會計師不負責任的做法。
五、復印往來明細賬戶簡單抄錄幾筆憑證
一些注冊會計師喜歡復印有關往來賬戶的明細賬頁，凡是選定作為檢查樣本的往來賬戶，將其賬頁全部復印，再根據賬頁上記錄的憑證號碼和經濟內容隨便抄錄幾筆會計憑證，然后在固定格式工作底稿中“查見欄”或“核對欄”的空格上打勾，表示已經履行了“查見”或“核對”程序，最后在審計結論中寫上“余額可以確認”，認為這就是對往來賬項實施的替代審計程序。從日常監管檢查所掌握的情況得知，相當多的審計人員實際上根本就沒有真正履行“查見”或“核對”程序，僅是抄錄了一些會計分錄，是典型的形式主義。
六、對債權賬面的余額認定不考慮可收回性
一些注冊會計師認為，債權是否能正常收回是被審計單位的責任，審計只是負責確認賬面數據的正確性，所以，許多注冊會計師在審計被審計單位的債權賬項時，根本不考慮被審計債權的可收回性，往往僅憑回函證明或替代審計的結果就作出余額可以確認的審計結論，對一些有明確線索證明已經形成潛虧的債權不僅不調整會計報表，而且也不在會計報表附注中披露。
七、對債務不進行函證
一些注冊會計師認為，債務類賬戶余額不需要函證，一些被審計單位也反對對其債務進行函證，實際上這些都是錯誤的認識。筆者認為，對債務是否需要函證的問題應該區別對待，即一般情況下對債務不需要函證，但是，如果被審計單位控制風險較高，債務金額較大或被審計單位處于財務困難階段，則應該對應付賬款和預收賬款中的重大項目進行函證。
八、余額大的往來賬項才是重要的
許多注冊會計師在選擇和判斷往來賬項的重大項目時往往有這樣的誤解，即認為余額大的才是重要的，余額小或為零的就不是重大項目，這實際上是錯誤的認識。因為往往一些賬戶的年末余額雖然很小甚至為零，但平時的發生額可能非常大，這些賬戶同樣也是被審計單位的主要往來賬戶。注冊會計師在審計中要注意正確選擇和判斷往來賬戶的重大項目，對年末余額雖為零或很小、但發生額非常大的重要往來賬戶必須進行函證。