企業接受稅務稽查后，有的及時處理賬務，進行納稅調整，但也有不少企業沒有意識到納稅調整的重要性，補繳稅款后就完事，不調整相關賬務，有的雖作賬務調整，但因財務人員業務不夠熟練，會計處理不當，導致會計資料失真。做好賬務調整是鞏固稽查成果、確保國家稅收的重要一環，對企業來說也至關重要，否則可能會造成重復納稅。
稽查后企業賬務調整存在的主要問題
增值稅方面。1.增值稅銷項稅。（1）少計或不計收入不作調賬處理。主要包括由價外費用、逾期押金、以舊換新銷售、還本銷售等經濟事項引起會計處理上少計或不計收入，少計銷項稅，稅務稽查后不調增銷售收入和銷項稅。（2）視同銷售貨物不計銷項稅，稅務稽查后不調增銷項稅。
2.增值稅進項稅。（1）違規抵扣行為不調賬。違反《增值稅暫行條例》規定，將不得從銷項稅額抵扣的進項稅額項目違法抵扣，稅務稽查后不調減進項稅。（2）超前抵扣行為不調賬。未按照國家稅務總局《關于加強增值稅征收管理的通知》規定的增值稅一般納稅人購進貨物或應稅勞務，其進項稅額申報抵扣的時間執行，提前抵扣進項稅額，稅務稽查后不調減進項稅。
企業所得稅方面。1.對已查企業既有查補稅前可扣除稅金（營業稅、房產稅、印花稅、土地增值稅、城建稅、教育費附加），又有查補企業所得稅問題的，賬務調整差錯率較高，被查企業在進行賬務處理時，對稅前可扣除稅金又進行了重復列支，造成少繳當年度企業所得稅。
2.查補企業所得稅，加收罰款、滯納金，企業在轉賬時先通過“以前年度損益調整”科目列支后，又從“以前年度損益調整”科目轉入“本年利潤”借方，列為當年支出，軋抵了當年度的利潤總額（年度企業所得稅申報未作納稅調整）。
3.對房地產開發企業查補的未按預收賬款申報繳納的營業稅、城建稅、教育費附加，被查企業在作賬務調整時，直接列入“主營業務稅金附加”，軋抵當年的應納稅所得額。
個人所得稅方面。1.檢查中有的企業僅按照《稅務行政處罰決定書》上的罰款金額按時解繳入庫，對《涉稅聯系單》上應補繳的個人所得稅稅款，不僅未向納稅人追繳，也未到有關稅務機關申報繳納。
2.由單位代繳個人所得稅的企業，在計算繳納時沒有按稅法規定將不含稅收入換算為應納稅所得額計算個人所得稅，同時在賬務調整中存在問題。如將查補的利息、紅利項目，工資薪金項目的個人所得稅，直接列入“利潤分配”、“應付福利費”、“預算外支出”（事業單位）科目，少繳個人所得稅。
稅務稽查后調賬的基本原則
本年度錯漏賬目的調整。本年度發生的錯漏賬目，只影響本年度的稅收，應按正常的會計核算程序和會計制度，調整與本年度相關的賬目，以保證本年度應繳稅金和財務成果核算真實、正確。對流轉稅、財產稅和其他各稅檢查的賬務調整，一般不需要計算分攤，凡查補本年度的流轉稅、財產稅和其他稅，只需按照會計核算程序，調整本年度相關的賬戶即可。但對增值稅一般納稅人，應設立“應交稅金———增值稅檢查調整”專門賬戶核算應補（退）的增值稅。凡檢查后應調減賬面進項稅額或調增銷項稅額和進項稅額轉出的數額，借記有關科目，貸記本科目；凡檢查后應調增賬面進項稅額或調減銷項稅額和進項稅額轉出的數額，作與上述相反分錄。全部調賬事項入賬后，應結轉出本賬戶的余額，并對該余額進行處理。
以前年度錯漏賬目的調整。對屬于以前年度的錯漏問題，因為財務決算已結束，一些過渡性的集合分配賬戶及經營收支性賬戶已結賬軋平無余額，錯漏賬目的調整，不可能再按正常的核算程序對有關賬戶一一進行調整，一般在當年的“以前年度損益調整”科目、盤存類延續性賬目及相關的對應科目進行調整。若檢查期和結算期之間時間間隔較長的，可直接調整“以前年度損益調整”和相關的對應科目，盤存類延續性賬目可不再調整，以不影響當年的營業利潤。對查補（退）的以前年度增值稅，為不致混淆當年度的欠稅和留抵稅額，應直接通過“應交稅金———未交增值稅”科目進行調整。