會計電算化會計檔案主要包括三個方面的內容：
（1）由計算機打印輸出的各種書面形式的會計憑證、會計賬簿、會計報表以及其他會計資料。這些打印輸出的會計憑證、會計賬簿、會計報表以及其他會計資料應當符合國家統一的會計制度規定，根據有關規定立卷歸檔保管，保存期限按《會計檔案管理辦法》的規定執行。
（2）以磁帶、磁盤、光盤、微縮膠片等介質存儲的會計數據（會計憑證、會計賬簿、會計報表等數據），在未打印成書面形式之前，應當妥善保管并留有副本。這些介質都應當視同會計資料或檔案保管。
（3）會計電算化系統開發和使用的全套文檔資料及軟件程序，也應當視同會計檔案保管。
會計電算化會計檔案除必須執行一般的檔案管理制度外，還應當強調各種電算化會計檔案的安全與保密。單位一般應建立以下安全和保密措施：
①對電算化會計檔案管理要做到防磁、防火、防潮、防塵等工作，重要會計檔案應準備雙份，存放在兩個以上不同的地點；
②采用磁性介質存儲的會計檔案，要定期進行檢查，定期進行復制，防止由于磁性介質損壞而使會計檔案丟失；
③嚴格執行安全和保密制度，不得隨意堆放會計檔案，嚴防毀損、散失和泄密；
④各種會計資料包括打印出來的會計資料，以及存儲會計資料的軟盤、光盤、微縮膠片等，未經單位負責人同意，不得外借和拿出單位；
⑤借閱會計資料，應該履行相應的借閱手續，經手人必須簽字記錄。存放在磁性介質上的會計資料借閱歸還時，還應該認真檢查，防止感染病毒。
