高等學校年度收入與支出相抵后的余額，公式表示為：收入-支出=結余。
特點 結余不是一個獨立的要素。結余的非獨立性表現在其計量上和會計要素的分類上。結余不能獨立地計量，它的計量依賴于收入和支出的計量，當計量了收入和支出后，也就能夠計量結余，因此形成“收入-支出=結束余”的會計等式。依據會計恒等式對會計核算對象分類時，分為資產、負債、凈資產、收入和支出，結余不是考核高等學校業務活動業績的唯一指標，僅能夠說明行政單位在進行業務活動過程中收入保證支出的程度，如果單位的收入大于支出，形成結余，說明各種渠道形成的收入可以彌補支出，或說明單位支出的節約程度；反之，說明收入不能彌補支出，或說明單位支出的浪費程度。
分類 分為一般結余和經營結余。一般結余是除經營結余以外的其他收入與支出相抵后的余額。經營結余是一定期間已完工項目經營收入與經營支出相抵后的余額。
核算方法 一般結余通過“事業基金”賬戶進行核算，年終結賬時，將“屬單位繳款”等科目的余額，全額轉入“事業基金”科目；將“教育經費”、“科研經費”、“其他經費”、“上級補助收入”、“教育事業收入”、“科研事業收入”、“其他收入”等科目中非專項收入的余額，結轉入“事業基金”科目的貸方；將“撥出經費”、“教學支出”、“科研支出”、“業務輔助支出”、“行政管理支出”、“后勤支出”、“學生事務支出”、“離退休人員保障支出”、“上繳上級支出”、“轉出自籌基建資金”、“其他支出”等科目中非專項項目發生的轉出余額，轉入“事業基金”科目的借方。項目已完成的專款結余，按規定留歸高等學校使用的部分轉入“事業基金”科目。經營結余通過“經營結余”賬戶進行核算，將“經營收入”科目的余額轉入“經營結余”科目的貸方，將“經營支出”科目的余額轉入“經營結余”科目的借方。
管理要求 經營收支結余應當單獨反映，經營收支結余可以按照國家有關規定彌補以前年度經營虧損，其余部分并入學校結余。規定學校的結作，除專項資金按照國家規定結轉下一年度繼續使用外，可以按照國家有關規定提取職工福利基金，剩余部分作為事業基金用于彌補以后年度收支差額。
