我國各級各類獨立核算的公立醫療機構（簡稱醫院）財務管理工作必須遵循的行政法規。醫院財務制度于1998年財政部、衛生部頒發，共分14章82條。
第一章總則，明確本制度的適用范圍，確定醫院是政府實行一定福利政策、非營利的社會公益事業，對醫院財務管理的基本任務、管理原則、總會計師制度、領導關系以及醫療和藥品收支的核算管理原則等作了規定。
第二章預算管理，明確醫院的預算編制原則、預算的編制程序。預算編制內容規定為收入預算、支出預算、投資收益、專項基金預算。
第三章基金管理，明確醫院基金的概念和分類，對各類基金的管理辦法作了規定。
第四章負債管理，明確醫院負債的概念和內容，對負債管理辦法作了規定。
第六章固定資產管理，明確醫院固定資產的概念和分類。對固定資產的計價、折舊制度和辦法、修理費用、盤盈盤虧及毀損、實物管理等方面作了規定。
第七章無形資產和遞延資產管理，明確醫院無形資產和遞延資產的概念和內容，并對管理辦法作了規定。
第八章對外投資管理，明確醫院對外投資的概念和內容，并對管理辦法作規定。醫院附設的非醫療性服務單位執行有關行業的會計制度。
第九章收入管理，確定醫院收入的內容。對醫院收費管理、收入憑證管理、門診和住院收費處管理等項制度作了規定。
第十章支出管理，明確醫院支出的概念和內容，分別對醫療支出、藥品支出、管理費用和其他支出的分類管理作了規定。
第十一章結余及其分配，明確醫院結余的概念、內容及其計算方法，對結余分配的辦法作了規定。
第十二章財務結算，明確醫院結算的含義、內容、組織工作程序和清償順序，對結算工作作了有關的規定。
第十三章財務報告與評價，明確財務報告的概念、財務報告體系的內容以及報告的時限、年度決算的要求。對財務監督和檢查作了規定。確定財務分析評價的內容、指標和方法。
第十四章附則，明確醫院取得行醫資格的財務登記、醫院基本建設投資的財務管理、醫院實施本制度的清產核資等規定。指出本制度自1998年×月×日起執行，過去與本制度相抵觸的有關規定同時廢止。各省、自治區、直轄市及計劃單位列市財政部門和主管可制定具體實施辦法。
