單位年度收入與支出相抵后的余額，數量上等于財政補助收入、上級補助收入、事業收入、附屬單位繳款、經營收入、其他收入之和減去事業支出、對附屬單位補助、上繳上級支出、經營支出及結轉自籌基建之和。單位的結余分為事業結余和經營結余兩部分，分別核算和管理。
事業結余 單位進行科學事業活動而發生的各項事業收入與各項支出相抵后的余額。單位計算事業結束余的收入包括：財政補助收入、上級補助收入、事業收入、附屬單位繳款、其他收入。其中，事業收入包括：科研收入、技術收入、學術活動收入、科普活動收入、試制產品收入和預算外資金收入等。單位計算事業結余的支出包括：事業支出、結轉自籌基建、對附屬單位補助、上繳上級支出。單位事業結余的計算公式是：“事業結余=（財政補助收入+上級補助收入+事業收入+附屬單位繳款+其他收入）-（事業支出+結轉自籌基建+對附屬單位補助+上繳上級支出）”。
其中：“事業收入=科研收入+技術收入+學術活動收入+科普活動收入+試制產品收入+預算外資金收入”。
經營結余 單位年度經營收入與經營支出相抵后的余額。單位計算經營結余的收入包括：產品（商品）銷售收入、經營服務收入、工程承包收入、租賃收入、其他經營收入、單位計算經營結余的支出包括：產品（商品）銷售成本、經營服務成本、工程承包成本、稅金及附加、期間費用。其中，稅金及附加是指由經營活動負擔的產品（商品）銷售稅金及附加，以及經營服務、工程承包等活動負擔的的稅金及附加，包括營業稅、城市維護建設稅和教育費附加等。期間費用包括應由經營業務負擔的管理費用和財務費用等。單位經營結余的計算方法是：“經營結余=經營收入-經營支出”。
結余分配 單位應按國家有關法律、規定進行結余的分配。結余分配時，需進行兩項扣除：一是實行預算外資金結余上繳方法的預算外資金結余，二是專項資金結存。在做前兩項調整后，形成可供分配結余。按照《科學事業單位財務制度》的規定，可供分配結余的分配順序是：經營收支結余彌補以前年度經營虧損；主科技成果轉化基金；計提職工福利基金；剩余結轉入事業基金。當本年度出現收支差額時，除經營收支差額可留待以后年度由經營結余彌補外，其他收支差額應用以前年度的事業基金彌補。
