關于“兩稅合一”的問題已經議論多年，近來，隨著社會經濟條件的日臻成熟，“兩稅合一”問題又引起了學術界、實業界乃至國家行政管理機關的普遍關注。航運業是一個古老的行業，國家對外貿易運輸幾乎90％以上都由海上運輸完成。對航運企業來說，國家對航運業的稅制確定及稅率高低的規定，均關系到航運企業的效益，直接影響其經營與發展。因此，“兩稅合一”效益關系到我國民族航運業的興衰。
一、我國現行企業所得稅現狀
我國現行的“雙軌制”所得稅模式已執行12年。1991年起，我國把適用于外商獨資企業和外國企業的兩個所得稅法，合并為《中華人民共和國外商獨資企業和外國企業所得稅法》；1993年，把適用于國有、集體和私營企業等內資企業的所得稅條例，合并為《中華人民共和國企業所得稅暫行條例》，于1994年起施行。由此，形成了內、外資企業兩套所得稅制度并存的“雙軌制”所得稅制模式。
這種模式下，一方面造成內外資企業稅率不同，內資企業統一稅率為33％，外資企業所得稅率為24％和15％，外資企業在低稅率基礎上還有“兩免三減半”和行業特殊減半優惠等，當然，某些行業的內資企業在一定時間內有的也能夠享受稅收減免優惠；另一方面，稅前扣除標準也不同，例如內資企業實行計稅工資，外資企業實行全額扣除；再者，退稅優惠也不同，外商再投資可以退還部分或者全部的已繳所得稅款，內資企業無法享受其優惠待遇。
盡管我國名義企業所得稅稅率為33％，但實際上，外資企業在中國的平均稅負只有11％，而中國一般內資企業的平均稅負達到22％，國有大中型企業的稅負更高達30％。
二、我國航運企業稅負沉重
財政部部長金人慶在出席2005年全國財政學會年會時說：“目前外資企業所得稅率不到15％，而中資企業為33％。”這種不合理狀況，反映在我國的航運企業則更為突出。
1.國外航運企業稅收優惠政策
《中華人民共和國外商投資企業和外國企業所得稅法實施細則》第十七條規定，外國航空、海運企業從事國際運輸業務，以其在中國境內起運客貨收入總額的百分之五為應納稅所得額。《中華人民共和國外商投資企業和外國企業所得稅法》（全國人大代表［1991］45號）第七條、第八條、第十條及《中華人民共和國外商投資企業和外國企業所得稅法實施細則》（國務院［1991］85號）第六章，對外商投資企業所得稅優惠政策都做了明確的規定。
航運政策關系到國民經濟命脈和國家安全，世界上大多數國家和地區均采取優惠政策扶持本國的遠洋運輸企業。如，英國、瑞典、荷蘭、挪威、比利時和丹麥等國，免收船舶固定資產稅；德國對航運公司非盈利收入減稅，對在國外已交付稅收的船東，可從應收的稅款中扣除，同時對從事國際運輸的貨運收入減免50％的營業稅和產業稅；日本對遠洋船舶減免登記許可稅；芬蘭免交流轉稅；菲律賓免交所得稅用于企業的船舶建造和更新；秘魯對國營航運企業免交一切稅收；哥倫比亞免交所得稅和資產稅等等。除了給予稅收優惠政策外，一些發達國家還通過技術壁壘等間接手段保護本國的航運企業。這些政策的實行對同處在開放競爭的國際航運市場的中國航運企業十分不利。像馬士基、東方海外、長榮海運等境外航運企業，不但各自享受其本國本地區的稅收優惠政策，同時還享受我國的稅收優惠政策。
2.我國國內航運企業稅收現狀
我國現行稅法對國內航運企業按33％的稅率征收企業所得稅，對運輸收入征收3.3％的營業稅金及附加，船舶進口要征收37.53％的進口關稅和增值稅。
隨著我國加入WTO，外國航運企業大量涌入我國市場，特別是2005年5月份馬士基完成對鐵行渣華的收購后，將占領更多的市場份額，其控制市場的能力也將不斷加強。可以預見到，在未來的幾年內，國際航運業的競爭將更加激烈。面對競爭日趨激烈的國際航運市場和國際航運巨頭加大在中國市場的貨源爭奪力度，國內航運企業作為國家的主力船隊，要想在激烈的國際競爭中站穩腳跟，必須要做大做強航運主業，才能更好地對國家進出口貿易起到平抑運價，支持國家經貿發展的作用。我國目前正處于市場經濟加速發展的關鍵時期，海上運輸對我國對外貿易的發展以及戰略資源安全起著十分重要的作用。
目前，作為世界航運巨頭的馬士基也是我國航運企業的最大競爭對手，在我國設有分支機構，他們不但享受其本國的稅收優惠政策，而且他們在我國也一直享受著外商投資企業的各項優惠待遇，不斷地搶占市場份額。而我國不但沒有對內資航運業給予優惠政策，同時我國航運企業也沒有享受到外商投資企業享受的優惠政策，卻仍要在這種不公平的環境下與他們競爭、求生存、求發展，來發展壯大我國的遠洋運輸業，以為我們國家國際貿易及國民經濟發展提供服務保障。
因此，加速實行“兩稅合一”，給國有企業公平、公正的市場競爭環境迫在眉睫，這將關系到國有企業的生存和發展，特別是我國民族航運業的生存和發展。
三、“兩稅合一”的負面沖擊可以消除
毋庸諱言，兩稅合一也有可能帶來一些我們并不期望的副作用，但是，對于所有國家而言，決定跨境直接投資流向的首要因素是宏觀經濟形勢，國際之間如此，一國之內同樣如此。2004年，東亞經濟體宏觀經濟欣欣向榮，吸收外商直接投資屢創佳績；西歐大陸國家宏觀經濟疲軟，國際直接投資流入也萎靡不振，原因就在于此。
匯率是決定跨境直接投資流向的第二項重要因素。對于發展中國家而言，某些結構性因素也有利于他們吸收國際直接投資。首先是市場導向型的國際直接投資越來越多，國際投資者在選擇投資地點時不僅是選擇低成本的生產地點，而且越來越多的是在選擇接近龐大的消費市場，這意味著人口眾多且國民收入持續穩定增長的國家更能夠得到外資的青睞；其次，放松管制、監管體制改革激勵了投資者；第三，國際貿易領域的重大變革對國際投資者產生了強烈的激勵，其中尤以中國入世和國際紡織品貿易進入“后配額時代”影響最為重大。這充分印證了實行“兩稅合一”不會對經濟開放帶來大的沖擊。
此外，可以通過降低稅率減輕乃至消除“兩稅合一”的負面沖擊。鑒于去年我國財政收入已經超過3萬億元，稅收征管的基礎設施、基礎工程也日趨完善，我們已經有能力走向“寬稅基、低稅率”的可持續的財稅發展道路，統一的企業所得稅率不應向較高的現行內資企業所得稅率看齊，而應當在內外資企業兩種稅率中趨向折中。
四、“兩稅合一”是內外資企業平等國民待遇的重要組成部分
“兩稅合一”，為企業提供統一的、公平的、公正的市場經濟環境，對內資企業發展將起到極大的促進作用，從而對國民經濟的發展必將起到促進作用，同時，是對內外資企業享受平等國民待遇的重要內容。
我國國內最大的航運企業中國遠洋運輸（集團）總公司的黨組書記、副總裁、全國人大代表張富生在2006年3月份北京召開的十屆全國人大四次會議上提出了《關于加速企業所得稅與外資企業所得稅“兩稅合一”的議案》。議案指出，中國加入世貿組織標志著我們已經處于了一個新的經貿發展環境，在入世協議過渡期結束后，對外資進入的限制將大大減少，如果繼續在稅收上享受特殊優惠政策，會使市場競爭更加不公平，大大削弱國內企業的競爭力。新的方案將堅持按照簡稅制、寬稅基、低稅率、嚴征收的原則，內資企業和外資企業所得稅稅率向中間靠攏，統一后的企業所得稅稅率約為25％，相當于國際中等水平。取消內資企業計稅工資，改按實際發放工資稅前扣除，企業的廣告費、業務宣傳費、壞賬準備、用于公益和救濟性的捐贈等都按照外資企業的辦法在稅前列支。建議人大應提出立法建議，盡快實行“兩稅合一”。
這個議案清晰地闡明了“兩稅合一”的必要性及其實施的主要內容，也說明“兩稅合一”是入世協議過渡期之后，逐步做到內外資企業平等國民待遇的重要組成部分。
五、“兩稅合一”時機已經成熟
一是目前利用稅收優惠政策吸引外資的必要性已顯著減少。二是繼續實行所得稅雙軌制有違公平競爭的市場原則，也將使內資企業處于更加被動的競爭地位。三是由于我國加強了對宏觀經濟的有效調控，使國民經濟在2004年開始進入了一個新的快速增長期，因而奠定了良好基礎。四是現實財力為“兩稅合一”提供了充分的操作空間。2005年全國稅收收入完成3萬億元以上（不包括關稅和農業稅）。嘗試實行較低的稅率是在財政預算承受能力限度之內的，既能較大幅度降低內資企業的稅負，又不會對外資企業帶來太大的沖擊。雖然短期內可能對稅收收入造成一定影響，但從長期看，“兩稅合一”有利于增強內資企業的活力和競爭力，提高稅收征管效率。五是我國已進入WTO的后過渡期，過渡期結束后，內外資企業競爭將進一步加劇。只有“兩稅合一”，才能使內、外資企業在公平、公正的基礎上展開競爭。
總之，企業所得稅稅制改革的基本思路是：將現行內、外資分別適用的兩套所得稅法合并為統一的企業所得稅法，建立適用于內外資企業的統一、規范、透明的企業所得稅制度，為各類企業創造平等競爭的稅收環境。因此，建議加速“兩稅合一”，為我國航運企業提供公平的競爭環境，促進我國航運業的健康可持續發展。
