近日，有企業來電咨詢，總分機構、母子公司在年終匯算清繳企業所得稅時，其企業所得稅納稅方式中經常提到的匯總納稅和合并納稅是如何區分的，在稅款的計算上是否存在差別？
合并納稅適用的企業
《國家稅務總局所得稅管理司關于合并繳納企業所得稅政策執行問題的函》（所便函[2008]27號）明確，《企業所得稅法》第五十二條規定：“除國務院另有規定外，企業之間不得合并繳納企業所得稅”。在國務院對企業合并繳納企業所得稅政策尚未作出規定前，原經國家稅務局批準實行合并繳納企業所得稅的企業，暫按原規定繼續執行。
《財政部、國家稅務總局關于試點企業集團繳納企業所得稅有關問題的通知》（財稅[2008]119號）為確保《企業所得稅法》的平穩實施，根據新《稅法》第五十二條規定，經國務院批準，對2007年12月31日前經國務院批準或按國務院規定條件批準實行合并繳納企業所得稅的企業集團，在2008年度繼續按原規定執行。從2009年1月1日起，上述企業集團一律停止執行合并繳納企業所得稅政策。
根據上述規定，目前，可以實行集團內合并繳納企業所得稅的企業僅限于上述名單范圍內的企業，其他企業一律不得自行合并繳納企業所得稅。在該名單上有包括中國五礦集團、中糧集團、中化集團等106家集團企業。
匯總納稅適用的企業
《國家稅務總局關于印發〈跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》（國稅發[2008]28號）第二條規定，居民企業在中國境內跨地區（指跨省、自治區、直轄市和計劃單列市，下同）設立不具有法人資格的營業機構、場所（以下簡稱分支機構）的，該居民企業為匯總納稅企業（以下簡稱企業），除另有規定外，適用本辦法。
因此，對于實行匯總繳納方式的企業是指在同一法人主體下，在境內跨地區設立了不具有法人資格的機構或者場所的情況下，需要按照國稅發[2008]28號文件相關規定進行匯總繳納。第三條規定，企業實行統一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫的企業所得稅征收管理辦法。第四條規定，統一計算，是指企業總機構統一計算包括企業所屬各個不具有法人資格的營業機構、場所在內的全部應納稅所得額、應納稅額。第六條規定，就地預繳，是指總機構、分支機構應按本辦法的規定，分月或分季分別向所在地主管稅務機關申報預繳企業所得稅。第七條規定，匯總清算，是指在年度終了后，總機構負責進行企業所得稅的年度匯算清繳，統一計算企業的年度應納所得稅額，抵減總機構、分支機構當年已就地分期預繳的企業所得稅款后，多退少補稅款。
對于總分機構的匯總繳納是按同一法人主體進行統一計算企業所得稅，只是在季度時分支機構需要按照國稅發[2008]28號文件中相關規定在所在地進行預繳企業所得稅，但這部分預繳的企業所得稅可以在年終與總機構統一匯算時抵減總機構應繳企業所得稅。
根據以上規定，匯總繳納適用于總分企業之間納稅；合并繳納適用于母子公司之間納稅。只要是總企業、分企業關系，可直接按《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法》規定，實行統一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫的企業所得稅征收管理辦法計算繳納稅款。而母子公司之間實現合并納稅，必須經國務院批準。
目前，總機構在年終匯算清繳企業所得稅時，其利潤總額并不是單個分支機構利潤總額簡單相加，而是總企業、分企業會計報告的并表。也可以理解扣減掉內部抵消利潤后確定，就是將整個企業視為一個企業核算。