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親愛的學員，您好！很高興能為您提供幫助，您的問題答復如下：
在計算土地增值稅時，土地出讓金是否可以扣除，取決于題目中是否明確允許其作為扣除項目。根據土地增值稅的相關規定，土地出讓金在滿足條件的情況下可以作為“取得土地使用權所支付的金額”進行扣除。

在本題中，題目并未明確說明土地出讓金可以作為扣除項目，因此在計算土地增值稅時，土地出讓金5000萬元未被扣除。

土地增值稅的扣除項目通常包括：
1.取得土地使用權所支付的金額；
2.房地產開發成本；
3.房地產開發費用（按比例扣除）；
4.與轉讓房地產有關的稅金；
5.加計扣除（房地產開發企業可加計扣除20%）。

由于題目未明確允許土地出讓金作為扣除項目，因此未將其計入扣除金額。
祝您學習愉快！