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親愛的學員，您好！很高興能為您提供幫助，您的問題答復如下：
是的，需要在B市預繳增值稅。

根據規定，一般納稅人跨市（縣、區）出租不動產，應在不動產所在地（B市）預繳增值稅。甲公司出租的辦公樓位于B市，屬于跨市出租不動產，因此在收取租金時，應按照規定在B市預繳增值稅。

具體計算時，甲公司應以租金收入為基礎，按適用稅率或征收率計算應預繳稅款，并向B市主管稅務機關申報繳納。
祝您學習愉快！