企業購進免稅農產品，其賬務處理與國內購進貨物基本相同，主要區別在于由于購進的是初級產品，直接從農業生產者那里購進，無法取得增值稅專用發票，其進項稅額根據購進的免稅農產品的買價和1000的扣除率計算確定。企業購進免稅農產品時，根據買價和規定的扣除率計算的進項稅額，借記“應交稅金—應交增值稅（進項稅額）”賬戶，按買價扣除按規定計算的進項稅額后的數額，借記“物資采購”、“庫存商品”等賬戶，按應付或實際支付的價款，貸記“銀行存款”或“應付賬款”等賬戶。
例如，紅星公司2004年1月12日購進玫瑰花一批，以銀行存款支付買價25 000元。則會計處理如下：
借：物資采購 22 500
應交稅金——應交增值稅（進項稅額） 2 500
貸：銀行存款 25 000