會計制度規定，企業應繳的增值稅在“應交稅金———應交增值稅”科目核算，該科目下設“進項稅額”、“已交稅金”、“減免稅款”、“出口抵減內銷產品應納稅額”、“銷項稅額”、“出口退稅”、“進項稅額轉出”、“轉出未交增值稅”、“轉出多交增值稅”等專欄，同時設“應交稅金———未交增值稅”科目，核算企業當月未繳或多繳的增值稅。但對稅務機關查補的增值稅會計處理未作明確規定。
稅法規定，增值稅一般納稅人在稅務機關對其增值稅納稅情況進行檢查后，凡涉及增值稅賬務調整的，應設立“應交稅金———增值稅檢查調整”專門賬戶。凡檢查后應調減賬面進項稅額或調增銷項稅額和進項稅額轉出的數額，借記有關科目，貸記本科目；凡檢查后應調增賬面進項稅額或調減銷項稅額和進項稅額轉出的數額，借記本科目，貸記有關科目；全部調賬事項入賬后，應結出本賬戶的余額，并對該余額進行處理。
若余額在借方，全部視同留抵進項稅額，按借方余額數，借記“應交稅金———應交增值稅（進項稅額）”科目，貸記本科目；若余額在貸方，且“應交稅金———應交增值稅”賬戶無余額，按貸方余額數，借記本科目，貸記“應交稅金———未交增值稅”科目；若余額在貸方，“應交稅金———應交增值稅”賬戶有借方余額且等于或大于這個貸方余額，按貸方余額數，借記本科目，貸記“應交稅金———應交增值稅”科目；若余額在貸方，“應交稅金———應交增值稅”賬戶有借方余額但小于這個貸方余額，應將這兩個賬戶的余額相沖，其差額貸記“應交稅金———未交增值稅”科目。上述賬務調整應按納稅期逐期進行。
此外，《國家稅務總局關于增值稅一般納稅人發生偷稅行為如何確定偷稅數額和補稅罰款的通知》（國稅發[1998]66號）規定，偷稅款的補征入庫，應當視納稅人不同情況處理，即：根據檢查核實后一般納稅人當期全部的銷項稅額與進項稅額（包括當期留抵稅額），重新計算當期全部應納稅額，若應納稅額為正數，應當作補稅處理；若應納稅額為負數，應當核減期末留抵稅額。
例：2004年2月，某市國稅稽查局對甲公司（工業企業，增值稅一般納稅人）2003年度繳納增值稅的情況進行檢查時發現：2003年12月，甲公司存貨發生非正常損失，全部記入“營業外支出”科目，其中包括增值稅進項稅額2000元；將自產產品作為福利發放給職工，未按視同銷售進行稅務處理，少計算增值稅銷項稅額3000元；
甲公司2003年12月底“應交稅金———應交增值稅”科目為借方余額1000元。據此，稽查局作出補繳增值稅4000元，加收滯納金和罰款6000元的決定。甲公司當即繳納了上述稅款、滯納金和罰款。賬務處理為：
轉出非正常損失存貨的增值稅進項稅額：
借：以前年度損益調整2000
貸：應交稅金———增值稅檢查調整2000
補提視同銷售的增值稅銷項稅額：
借：應付福利費3000
貸：應交稅金———增值稅檢查調整3000
此時，“應交稅金———增值稅檢查調整”明細科目的貸方余額為5000元，當期（2003年12月）“應交稅金———應交增值稅”科目的借方余額為1000元，將“應交稅金———增值稅檢查調整”科目余額沖銷“應交稅金———應交增值稅”科目借方余額，差額轉入“應交稅金———未交增值稅”科目：
借：應交稅金———增值稅檢查調整5000
貸：應交稅金———應交增值稅1000
應交稅金———未交增值稅4000
繳納查補的增值稅、滯納金和罰款：
借：應交稅金———未交增值稅4000
營業外支出6000
貸：銀行存款10000
有關企業所得稅和留存收益的會計處理，略。
甲公司申報2003年企業所得稅時，應調減應納稅所得額2000元；申報2004年企業所得稅時，因稅款的滯納金和罰款不得稅前扣除，應調增應納稅所得額6000元。