在稅務機關的納稅檢查后，對于查補或多繳納稅款，企業應及時做出調賬處理，否則將可能造成重復繳稅或前補后退的情況。因企業所得稅政策、計算和會計核算較為復雜。故其調賬處理也較繁瑣。下面舉例說明補繳企業所得稅的賬務處理。
例：甲公司是一家房地產開發企業，2004年營業收入為1000萬元，當年會計利潤和申報的應納稅所得額均為20萬元，企業所得稅稅率為33％，相應的稅款已經繳納。2005年4月10日，稅務機關對甲公司2004年度的納稅情況進行了檢查，發現存在下列情況：
1.甲公司2004年實際發放工資12.6萬元，“應付工資”科目年初、年末余額均為0，當年平均職工10人，當地的計稅工資標準為每人每月800元；
2.甲公司2004年在“營業費用”科目列支廣告費用88萬元；
3.甲公司2004年將收到的意外事故保險賠款6萬元掛在“其他應付款”科目，年底未作轉賬處理，但相關損失已結轉利潤；
4.甲公司2004年有-套住宅已售出，但將其收入45萬元掛在“預收賬款”科目，也未結轉相關成本32萬元。
4月30日，稅務機關按照規定程序下達了稅務處理決定書和稅務行政處罰決定書，認定甲公司的行為已構成偷稅，責令其補繳企業所得稅9.9萬元，同時加收滯納金，并處以罰款。
甲公司的賬務調整如下：
根據企業會計制度和相關準則的規定，企業因偷稅而按規定補繳以前年度的所得稅，應視同重大會計差錯，按重大會計差錯的規定進行會計處理。
1.甲公司2004年實際列支工資超過計稅工資總額3萬元應調增應納稅所得額。由于工資的列支符合會計制度的規定，不需要進行賬務調整。
2.甲公司2004年列支廣告費用超過稅法允許稅前扣除的限額部分8萬元應調增應納稅所得額，但可以無限期向以后納稅年度結轉。這屬于可抵減時間性差異，不需要進行賬務調整。
3.甲公司2004年將收到的保險賠款掛在“其他應付款”，按稅法規定其應沖減相關的損失，因此應調增應納稅所得額。同時，這也違反了企業會計制度，調整分錄如下（單位：萬元）：
借：其他應付款 6
貸：以前年度損益調整 6
4.甲公司2003年漏記一套住宅的銷售收入，按會計制度和稅法規定均應確認銷售收入及銷售成本，并應調增應納稅所得額13萬元。
借：預收賬款 45
貸：以前年度損益調整 45
借：以前年度損益調整 32
貸：庫存商品 32
5.綜上，甲公司共應調增應納稅所得額30萬元，應補繳企業所得稅9.9萬元。
如果甲公司采用應付稅款法核算所得稅，
借：以前年度損益調整 9.9
貸：應交稅金——應交所得稅 9.9