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關于有限公司自然人股東轉讓股權印花稅，簡單來說，是股東個人繳納的。轉讓股權印花稅是按照認繳資本繳納，即按照股東在公司中認繳的股份來繳納轉讓股權印花稅，在公司登記的股東個人按此認繳股份數量和認繳總額來計算印花稅的稅額。但除股東外，轉讓人也可另行繳納印花稅，雙方按約定由誰負責繳納的情況可自行約定，雙方可以同時繳納。 除了轉讓股權印花稅外，在非上市公司股權轉讓過程中，通常還需要繳納企業所得稅和個人所得稅，雙方應按規定繳納，以免被后續的稅務機關查賬引起訴訟。