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親愛的學員，您好！很高興能為您提供幫助，您的問題答復如下：
在計算土地增值稅時，準予扣除的“與轉讓房地產有關的稅金”應先算出該公寓樓本身應負擔的增值稅（即銷項稅額減去相應的進項稅額），并以此來計算相應的城建稅等附加稅費。所以本題中要減去相應的進項稅額660萬元。另外，扣減660萬是為了在計算土地增值稅時，確定與轉讓不動產相關的稅金時，作為計算城建稅及附加的計稅依據。這里比較特殊，是按照整體項目的銷項稅額減去整體項目的進項稅額，計算出來整體項目應繳納的增值稅，以此來計算城建稅及附加的金額，而不是當期應繳納的增值稅。

同時，土地增值稅計算是針對整個項目而言，計算稅金時，是用整個項目的銷售稅額減除進項稅額，計算城建稅及附加，所以這里要減除進項660萬。即使該進項稅額在購入時已抵扣，但在計算土地增值稅時，仍需按理論上的應納增值稅額作為基礎。
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