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親愛的學員，您好！很高興能為您提供幫助，您的問題答復如下：
在企業承接外國勘察設計項目的案例中，方案三涉及在境外設立全資子公司，并取得股息性質的所得。抵免稅額和抵免限額的使用邏輯如下：

1.抵免稅額：是指企業在境外實際繳納或間接負擔的稅額。方案三中，子公司在境外繳納的企業所得稅和預提所得稅，均屬于抵免稅額。例如，子公司利潤部分繳納的企業所得稅和分配股息時繳納的預提所得稅，均可以作為抵免稅額進行抵免。

2.抵免限額：是指我國稅法規定的，企業可以抵免的境外已繳稅額的上限。抵免限額的計算公式為：
$$
\text{抵免限額}=\text{境外所得應納稅所得額}\times\text{我國企業所得稅稅率（25%）}
$$
如果實際抵免稅額小于或等于抵免限額，可以全額抵免；如果實際抵免稅額大于抵免限額，超出部分不能抵免。

3.子公司是否免稅：子公司本身在境外繳納企業所得稅，因此不是免稅的。我國居民企業通過子公司取得的股息紅利，如果符合股息所得的條件，可以享受間接抵免政策，但前提是子公司已實際繳納企業所得稅。

4.持股比例與抵免限額：抵免限額的計算與持股比例無關，而是根據境外所得的應納稅所得額和我國企業所得稅稅率（25%）計算。只有在計算股息紅利的間接負擔稅額時，才需要考慮持股比例。

5.其他抵免限額：對于股息、紅利以外的所得（如利息、租金、特許權使用費等），抵免限額的計算方式可能不同，需根據具體所得類型和稅收協定確定。

總結：方案三中，抵免稅額是企業實際繳納或間接負擔的稅額，抵免限額是根據我國稅法計算的上限。子公司本身不免稅，但其繳納的稅額可以作為抵免稅額進行抵免。股息紅利的抵免限額計算與持股比例無關，而是根據應納稅所得額和25%的稅率確定。
祝您學習愉快！