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什么是“兩票制”？
“兩票制”是指藥品生產企業到流通企業開一次發票，流通企業到醫療機構開一次發票。
藥品生產企業或科工貿一體化的集團型企業設立的僅銷售本企業（集團）藥品的全資或控股商業公司（全國僅限1家商業公司）、境外藥品國內總代理（全國僅限1家國內總代理）可規同生產企業。
藥品流通集團型企業內部向全資（控股）子公司或全資（控股）子公司之間調撥藥品可不視為一票，但最多允許開一次發票。
那么哪些發票屬于醫藥企業的增值稅專用發票異常發票呢？
符合下列情形之一的增值稅專用發票,列入異常憑證范圍：
（一）納稅人丟失、被盜稅控專用設備中未開具或已開具未上傳的增值稅專用發票；
（二）非正常戶納稅人未向稅務機關申報或未按規定繳納稅款的增值稅專用發票；
（三）增值稅發票管理系統稽核比對發現“比對不符”“缺聯”“作廢”的增值稅專用發票；
（四）經稅務總局、省稅務局大數據分析發現，納稅人開具的增值稅專用發票存在涉嫌虛開、未按規定繳納消費稅等情形的；
（五）屬于《國家稅務總局關于走逃(失聯）企業開具增值稅與用發票認定處理有關問題的公告》（國家稅務總局公告2016年第76號）第二條第（一）項規定情形的增值稅專用發票。
1.商貿企業購進、銷售貨物名稱嚴重背離的；生產企業無實際生產加工能力且無委托加工，或生產能耗與銷售情況嚴重不符，或購進貨物并不能直接生產其銷售的貨物且無委托加工的。
2.直接走逃失蹤不納稅申報，或雖然申報但通過填列增值稅納稅申報表相關欄次，規避稅務機關審核比對，進行虛假申報的。
增值稅一般納稅人申報抵扣異常憑證，同時符合下列情形的，其對應開具的增值稅與用發票列入異常憑證范圍：
（一）異常憑證進項稅額累計占同期全部增值稅專用發票進項稅額70%（含）以上的；
（二）異常憑證進項稅額累計超過5萬元的。
納稅人尚未申報抵扣、尚未申報出口退稅或已作進項稅額轉出的異常憑證，其涉及的進項稅額不計入異常憑證進項稅額的計算。
納稅信用A級納稅人取得異常憑證且已經申報抵扣增值稅、辦理出口退稅或抵扣消費稅的，可以自接到稅務機關通知之日起10個工作日內，向主管稅務機關提出核實申請。經稅務機關核實，符合現行增值稅進項稅額抵扣、出口退稅或消費稅抵扣相關規定的，可不作進項稅額轉出、追回已退稅款、沖減當期允許抵扣的消費稅稅款等處理。納稅人逾期未提出核實申請的，應于期滿后按照本條第（一）項、第（二）項、第（三）項規定作相關處理。
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